MANUEL ADMINISTRATEUR

Commandes

  • flask taxref info : Indique le nombre de taxon et de status contenu dans la base
  • flask taxref link-bdc-statut-to-areas : Permet d’associer les statuts aux départements contenus dans le ref_geo
  • flask taxref enable-bdc-statut-text -d <MON_DEP_1> -d <MON_DEP_2> --clean : Permet d’activer les statuts par départements. Il est possible de spécifier plusieurs départements (par code_area).

Mise à jour de Taxref

Un ensemble de commandes permettent de réaliser un changement de version de Taxref.

La documentation détaillée est accessible ici : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref

Fonctions SQL

La base de données comprend plusieurs fonctions permettant d’utiliser plus aisément le référentiel Taxref.

Arbre taxonomique

  • find_cdref(cd_nom int) --> int : cd_ref d’un taxon
  • find_cdref_sp(cd_nom int) --> int : cd_nom de l’espèce de référence s’il s’agit d’une espèce ou d’un taxon infra-spécifique. Retourn NULL s’il s’agit d’un taxon supra-spécifique.
  • find_all_taxons_children(cd_nom int) --> int[] : Les cd_nom des taxons inférieurs au taxon en entrée.
  • find_all_taxons_children(cd_nom int[]) --> table : Les cd_nom des taxons inférieurs aux taxons en entrée.
  • find_all_taxons_parents(cd_nom int) --> int[] : Les cd_nom des taxons supérieurs au taxon en entrée, du plus bas vers le plus haut (domaine).
  • find_all_taxons_parents_t(cd_nom int) --> table : Les cd_nom des taxons supérieurs au taxon en entrée, du plus bas vers le plus haut (domaine). Sous forme de table avec le rang indiqué.
  • find_lowest_common_ancestor(cd_nom1 int, cd_nom2 int) --> int : cd_ref de l’ancêtre commun le plus récent à deux taxons.
  • find_regne(cd_nom int) --> text : Libellé du règne du taxon.
  • check_is_cd_ref(mycdnom integer) --> boolean : True si l’argument donné est un cd_ref existant
  • match_binomial_taxref(mytaxonname character varying) : Cd_nom ou Cd_ref correspondant au nom latin donné en argument (si un seul cd possible, sinon NULL)