MANUEL ADMINISTRATEUR

Commandes

  • flask taxref info : Indique le nombre de taxons et de status contenus dans la base de données

  • flask taxref link-bdc-statut-to-areas : Permet d’associer les statuts aux départements contenus dans le Ref_geo

  • flask taxref enable-bdc-statut-text -d <MON_DEP_1> -d <MON_DEP_2> --clean : Permet d’activer les statuts par départements. Il est possible de spécifier plusieurs départements (par code_area).

  • flask taxref import-inpn-media list_cd_ref.csv : Import des médias depuis l’API de l’INPN. Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre un fichier CSV contenant une liste de cd_nom

Mise à jour de Taxref

Un ensemble de commandes permettent de réaliser un changement de version de Taxref.

La documentation détaillée est accessible ici : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/update-taxref-version.html

Gestion des permissions

Attention :

Si vous avez installé TaxHub via GeoNature, les permissions ne sont pas gérées de la même manière et sont uniquement pilotées par le module de gestion des permissions de GeoNature (voir la documentation de GeoNature à ce sujet).

Si vous avez installé TaxHub indépendamment (standalone), la gestion des permissions de l’application TaxHub se fait via les « profils » UsersHub :

  • Profils 2 : peut ajouter / modifier des médias et attributs sur les taxons. Peut ajouter / enlever des taxons dans des listes

  • Profil 6 = peut en plus administrer toutes les tables : création / modification / suppression de listes, d’attributs, et de thèmes

Fonctions SQL

La base de données comprend plusieurs fonctions permettant d’utiliser plus aisément le référentiel Taxref.

Arbre taxonomique

  • find_cdref(cd_nom int) --> int : cd_ref d’un taxon

  • find_cdref_sp(cd_nom int) --> int : cd_nom de l’espèce de référence s’il s’agit d’une espèce ou d’un taxon infra-spécifique. Retourne NULL s’il s’agit d’un taxon supra-spécifique.

  • find_all_taxons_children(cd_nom int) --> int[] : Les cd_nom des taxons inférieurs au taxon en entrée.

  • find_all_taxons_children(cd_nom int[]) --> table : Les cd_nom des taxons inférieurs aux taxons en entrée.

  • find_all_taxons_parents(cd_nom int) --> int[] : Les cd_nom des taxons supérieurs au taxon en entrée, du plus bas vers le plus haut (domaine).

  • find_all_taxons_parents_t(cd_nom int) --> table : Les cd_nom des taxons supérieurs au taxon en entrée, du plus bas vers le plus haut (domaine). Sous forme de table avec le rang indiqué.

  • find_lowest_common_ancestor(cd_nom1 int, cd_nom2 int) --> int : cd_ref de l’ancêtre commun le plus récent à deux taxons.

  • find_regne(cd_nom int) --> text : Libellé du règne du taxon.

  • check_is_cd_ref(mycdnom integer) --> boolean : True si l’argument donné est un cd_ref existant

  • match_binomial_taxref(mytaxonname character varying) : Cd_nom ou Cd_ref correspondant au nom latin donné en argument (si un seul cd possible, sinon NULL)