MANUEL ADMINISTRATEUR
Commandes
flask taxref info
: Indique le nombre de taxons et de status contenus dans la base de donnéesflask taxref link-bdc-statut-to-areas
: Permet d’associer les statuts aux départements contenus dans le Ref_geoflask taxref enable-bdc-statut-text -d <MON_DEP_1> -d <MON_DEP_2> --clean
: Permet d’activer les statuts par départements. Il est possible de spécifier plusieurs départements (parcode_area
).flask taxref import-inpn-media list_cd_ref.csv
: Import des médias depuis l’API de l’INPN. Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre un fichier CSV contenant une liste de cd_nom
Mise à jour de Taxref
Un ensemble de commandes permettent de réaliser un changement de version de Taxref.
La documentation détaillée est accessible ici : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/update-taxref-version.html
Gestion des permissions
Attention :
Si vous avez installé TaxHub via GeoNature, les permissions ne sont pas gérées de la même manière et sont uniquement pilotées par le module de gestion des permissions de GeoNature (voir la documentation de GeoNature à ce sujet).
Si vous avez installé TaxHub indépendamment (standalone), la gestion des permissions de l’application TaxHub se fait via les « profils » UsersHub :
Profils 2 : peut ajouter / modifier des médias et attributs sur les taxons. Peut ajouter / enlever des taxons dans des listes
Profil 6 = peut en plus administrer toutes les tables : création / modification / suppression de listes, d’attributs, et de thèmes
Fonctions SQL
La base de données comprend plusieurs fonctions permettant d’utiliser plus aisément le référentiel Taxref.
Arbre taxonomique
find_cdref(cd_nom int) --> int
: cd_ref d’un taxonfind_cdref_sp(cd_nom int) --> int
: cd_nom de l’espèce de référence s’il s’agit d’une espèce ou d’un taxon infra-spécifique. RetourneNULL
s’il s’agit d’un taxon supra-spécifique.find_all_taxons_children(cd_nom int) --> int[]
: Les cd_nom des taxons inférieurs au taxon en entrée.find_all_taxons_children(cd_nom int[]) --> table
: Les cd_nom des taxons inférieurs aux taxons en entrée.find_all_taxons_parents(cd_nom int) --> int[]
: Les cd_nom des taxons supérieurs au taxon en entrée, du plus bas vers le plus haut (domaine).find_all_taxons_parents_t(cd_nom int) --> table
: Les cd_nom des taxons supérieurs au taxon en entrée, du plus bas vers le plus haut (domaine). Sous forme de table avec le rang indiqué.find_lowest_common_ancestor(cd_nom1 int, cd_nom2 int) --> int
: cd_ref de l’ancêtre commun le plus récent à deux taxons.find_regne(cd_nom int) --> text
: Libellé du règne du taxon.check_is_cd_ref(mycdnom integer) --> boolean
: True si l’argument donné est un cd_ref existantmatch_binomial_taxref(mytaxonname character varying)
: Cd_nom ou Cd_ref correspondant au nom latin donné en argument (si un seul cd possible, sinon NULL)