CHANGELOG
2.1.2 (2025-02-13)
🚀 Corrections
Bug lors de l’édition d’une fiche taxon ayant un attribut contenant un caractère spécial (#598, par @amandine-sahl)
Ajout d’un paramètre
orderby
permettant d’ordonner les résultats de la route/taxref
(régression de la version 2 de TaxHub). Par défaut le tri est réalisé sur la colonnecd_nom
(#599, par @amandine-sahl).Mise à jour des dépendances (#577, par @Pierre-Narcisi, @amandine-sahl).
2.1.1 (2024-01-14)
🚀 Nouveautés
La limite du nombre de caractères de la colonne
source
des médias est supprimée (#592, par @jacquesfize & @amandine-sahl)Ajout de la possibilité d’indiquer seulement la hauteur ou la largeur de la minitiature souhaitée sur la route
/thumbnail/<int:id_media>
(#593, par @jacquesfize)
2.1.0 (2024-12-06)
🚀 Nouveautés
Optimisation de la VM
vm_taxref_tree
pour en améliorer les performances et gérer différents cas où des taxons locaux ont été ajoutés à la tabletaxref
(#587 par @bouttier)Ajout d’une route
/tmedias/types/
renvoyant la liste des types de médias (#588 par @amandine-sahl)Amélioration des performances de la route
/biblistes/
(#584 par @andriacap)Ajout de la possibilité de filtrer la route
/taxref/
par une liste de cd_nom (#581 par @amandine-sahl)
2.0.0 (2024-10-29)
Refonte globale de l’interface de TaxHub avec Flask-admin, pour simplifier son développement et sa maintenance, mais aussi permettre de l’intégrer complètement dans le module « Admin » de GeoNature.
Si vous utilisez GeoNature, TaxHub sera désormais intégré à celui-ci dans le module « Admin » et il ne sera plus nécessaire de l’installer, l’administrer ni le mettre à jour indépendamment.
Compatibilité avec GeoNature 2.15.0 minimum.
🚀 Nouveautés
Refonte majeure de l’interface. Migration de Angular JS à Flask-Admin (#297, #377, par @amandine-sahl, @TheoLechemia, @jacquesfize)
Suppression de la table
bib_noms
. Les attributs et médias sont désormais directement associés à la tabletaxref
. Cela simplifie la gestion des taxons par les administrateurs, ainsi que la mise à jour régulière de Taxref (#111, #163)Ajout d’une interface d’administration pour la création des types d’attributs et des thèmes
Peuplement en lot des listes de taxons avec un CSV de cd_nom (#299)
Ajout d’un paramètre
--taxref-region
à la commande de mise à jour de Taxref, qui permet de spécifier le nom de la colonne à utiliser pour peupler la colonneid_statut
detaxref
(utile pour les régions hors métropole) (#310)Remplacement du fichier de configuration
config.py
par le fichier tomltaxhub_config.toml
(#517)Création d’une commande de récupération des médias de l’INPN et suppression des anciens scripts. Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre un fichier CSV contenant une liste de cd_nom (
flask taxref import-inpn-media list_cd_ref.csv
) (#437)Suppression de la chaine de caractères
static/medias/
dans le champstaxonomie.t_medias.chemin
Suppression des code_profil de permissions 3 et 4, basculés en 2
Suppression du champs
bib_listes.picto
Suppression de la table
taxhub_admin_log
Suppression de la colonne
supprime
des médias qui effectuait une suppression logique et non physique des médias (#538)Suppression de la colonne
id_droit
de la tablebib_themes
(#550)Evolution de la procédure de migration Taxref (#382)
Déplacement de la doc de mise à jour de Taxref dans la documentation générale de TaxHub (#555)
Dépreciation de la route
/taxoninfo
au profit de la route/taxref
(#554)Ajout des propriétés optionnelles sur la route
/taxref
permettant de récupérer les attributs et les médias de chaque taxon (#498)Ajout d’une route
/bdc_statuts/status_symbologies
renvoyant la symbologie de statuts des taxons (couleurs des valeurs des listes rouges) (#510, par @edelclaux)Amélioration de la vue
taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete
pour afficher tous les noms d’un taxon (#332, par @JulienCorny et @andriacap)Ajout d’une vue matérialisée
vm_taxref_tree
contenant pour chaquecd_nom
la liste complète descd_ref
de ses taxons parents (#567, par @jbdesbas, @amandine-sahl, @bouttier)Mise à jour de dépendances python, dont UsersHub-authentification-module en version 3.0.0 et Flask en version 3
L’image Docker de TaxHub n’est plus générée automatiquement en raison de son intégration à GeoNature (#519)
Suppression du code spécifique Amazon S3. Pour utiliser des services S3 de stockage des médias, il est toujours possible de monter un volume pour y déposer directement les médias
Les branches
taxhub
ettaxhub-admin
ont été renommées entaxhub-standalone
ettaxhub-standalone-sample
Ajout du paramètre
API_PREFIX
si on souhaite rajouter un préfixe devant les routes de l’API TaxHub (ne pas renseigner si vous utilisez TaxHub avec GeoNature)
⚠️ Notes de version
Si vous utilisez GeoNature, TaxHub est désormais intégré à celui-ci dans le module « Admin »
Pour les installations standalone (hors GeoNature), le fichier de configuration applicatif
apptax/config.py
est remplacé par le fichierconfig/taxhub_config.toml
. Créer un fichierconfig/taxhub_config.toml
puis ajoutez-y les paramètres suivants (en vous inspirant deconfig/taxhub_config.toml.sample
) :SQLALCHEMY_DATABASE_URI
APPLICATION_ROOT
SECRET_KEY
PASS_METHOD
(si vous l’aviez renseigné)
Ajouter la nouvelle extension
ltree
à votre base de données :sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION ltree;'
Désormais si vous modifier la table
taxonomie.taxref
(pour ajoute un taxon local par exemple), vous devez rafraichir la nouvelle vue avec la requêteREFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_taxref_tree
Les données de la table
bib_noms
ont été sauvegardées sous deux formes :dans la table
archive_bib_noms
: ce qui pourra vous permettre de récupérer les données « nom_français » ainsi que « commentaire » (ils n’étaient plus utilisés dans les recherche de taxons depuis plusieurs versions)dans une liste nommée
BIB_NOMS
Evolutions des permissions :
en mode standalone (hors GeoNature), seuls les profils 2 et 6 sont désormais utilisés. Il faut un profil 2 pour ajouter des attributs ou médias et ajouter des taxons à des listes. Il faut un profil 6 pour pouvoir créer des listes / thêmes / type d’attributs.
intégré à GeoNature, TaxHub est désormais un module de GeoNature parmi les autres et on lui associe des permissions par groupe ou utilisateur et par objets (taxons, listes, attributs, médias…). Les permissions sur le module TaxHub sont automatiquement migrées lors de la mise à jour de GeoNature en s’appuyant sur les permissions existantes.
Les médias ont été déplacés du dossier
/static/medias/
vers/media/taxhub/
.
Les URL des images vont donc changer. Pour des questions de rétrocompatibilité avec d’autres outils (GeoNature-atlas ou GeoNature-citizen par exemple), vous pouvez définir des règles de redirection pour les médias dans le fichier de configuration Apache de TaxHub :# Cas où TaxHub et GeoNature sont sur le même sous-domaine RewriteEngine on RewriteRule "^/taxhub/static/medias/(.+)" "/geonature/api/medias/taxhub/$1" [R,L] # Cas où TaxHub et GeoNature ont chacun un sous-domaine RewriteEngine on RewriteRule "^/static/medias/(.+)" "https://geonature.<MON_DOMAINE.EXT>/api/medias/taxhub/$1" [R,L]
1.14.2 (2024-09-13)
🐛 Corrections
Correction de la route
/taxref
quand un nom appartient à plusieurs listes (https://github.com/PnX-SI/gn_mobile_occtax/issues/263)
1.14.1 (2024-05-23)
🚀 Nouveautés
Mise à jour de dépendances critiques :
requests
,jinja2
,werkzeug
,idna
,gunicorn
(#497)
1.14.0 (2024-04-23)
🚀 Nouveautés
Mise à jour de TaxRef et de la base de connaissance « Statuts » en v17 (#487)
Amélioration des performances du script de migration entre deux versions de Taxref. Contribution de @nico-imbert et @MathieuManceau.
🐛 Corrections.
Correction d’une mauvaise synchronisation du cookie et du JWT via une MAJ de pypnusershub (https://github.com/PnX-SI/UsersHub-authentification-module/pull/94)
💻 Développement
Les identifiants indiqués dans le paramètre
id_liste
de la routegetTaxrefList
sont indiqués de la manière suivante :id_liste=1,2,3
(anciennementid_liste=1&id_liste=2&id_liste=3
).
1.13.4 (2024-04-11)
🚀 Nouveautés
Passage à la version 1.5.2 de RefGeo (#486)
Mise à jour de nombreuses dépendances Python (#486)
🐛 Corrections
Correction du problème de déploiement automatique de la documentation sur Read the Docs (#482)
Modification du nom de la variable du token d’identification (#481)
1.13.3 (2024-02-12)
🐛 Corrections
Correction du problème de connexion sur TaxHub quand celui-ci est lancé avec le service (#476)
Suppression de warnings SQLAlchemy 1.4 (#477)
1.13.2 (2024-01-30)
🚀 Nouveautés
Mise à jour de Flask version 2 à 3
Mise à jour du linter black en version 24
1.13.1 (2023-11-17)
🚀 Nouveautés
Ajout de la colonne
group3_inpn
au modèle de la tabletaxref
et à la réponse de la route/getTaxonDetail
(#447)Ajout de la route
/groupe3_inpn
listant les group3 (#447)Enrichissement de la route
/taxref
en y ajoutant une propriétélistes
, un filtre surid_liste
(remplaçant la route/cor_nom_liste
supprimée) et en ajoutant la possibilité de limiter les champs retournés (#451 et #346)La route
/allnamebylist
prend comme paramètreid_liste
et non plus lecode_liste
(qui peut toujours être utilisé en tant que paramètre get) pour corriger le soucis de filtre de taxons par liste dans GeoNature (#346)Suppression de la route
/cor_nom_liste
suite aux évolutions de la route/taxref
(#469)Ajout d’une valeur par défaut au paramètre
UPLOAD_FOLDER
(static/medias
) (#445)
1.13.0 (2023-10-25)
🚀 Nouveautés
Ajout d’une fonction
taxonomie.check_is_group3inpn(mygroup text)
qui permet de tester si une chaine de caractère correspond bien à un group3_inpn (#433).Ajout de la colonne
group3_inpn
à la vue materialiséevm_taxref_list_forautocomplete
et d’un filtregroup3_inpn
à la routeallnamebylist
(#432).Passage à Flask-Login pour la gestion de l’authentification via la montée de version du sous-module d’authentification en version 2.0.0
⚠️ Notes de version
Si TaxHub est à la racine de votre serveur web
http://taxhub.mondomain.fr
, le paramètreAPPLICATION_ROOT
doit être égal à"/"
et non""
1.12.1 (2023-09-12)
🐛 Corrections
[Migration Taxref] Ajout de scripts SQL manquants dans le fichier
setup.py
(#430)[Migration Taxref] Ne pas spécifier de répertoire de fichier de données dans la fonction
open_remote_file(...,"TAXREF_v16_2022.zip", ...)
, afin de pouvoir utiliser la variable d’environnementDATA_PATH
(#430)
💻 Développement
Docker : redémarrage automatique de Flask après chaque modification du fichier
config/config.py
1.12.0 (2023-07-11)
🚀 Nouveautés
Ajout d’une table
t_meta_taxref
stockant la version du référentiel taxonomique ainsi que de sa date de dernière mise à jour, et de la route/version
associée (#394)Ajout d’une route
cor_nom_liste
pour accéder au contenu de cette table (#406)Mise à jour des dépendances Python (#410)
1.11.3 (2023-06-27)
🚀 Nouveautés
Compatibilité Debian 12 (Python 3.11)
Ajout de Debian 12 dans la CI de tests automatisés
Mise à jour de nombreuses dépendances Python (Flask, Alembic, SQLAlchemy, Marshmallow, Pytest, Pillow, …)
🐛 Corrections
Correction de la route
/taxoninfo
et ajout de tests associés (#402)Prise en compte des départements et territoires d’outre-mer pour la relation entre les zonages administratifs et la BDC statuts (#401)
Correction d’une requête SQL (#397)
⚠️ Notes de version
Suite à la prise en compte des territoires d’outre-mer avec la BDC statuts, il est conseillé de relancer le peuplement des données de la table
bdc_statut_cor_text_area
en utilisant la commande suivante :cd ~/taxhub source venv/bin/activate flask taxref link-bdc-statut-to-areas
1.11.2 (01-06-2023)
🐛 Corrections
Création de la table
taxonomie.bdc_statut
qui pouvait manquer sur certaines instances (#376)Mise à jour des données vides de la table
taxref
en NULL au lieu d’une chaine vide (#387)Optimisation de la route
allnamebylist
lors de la recherche par nom « search_name » (#384)Rafraichissement des vues matérialisées après une migration de Taxref (#392)
⚠️ Notes de version
Si vous avez déjà réalisé une migration vers Taxref v16, il est conseillé de rafraichir les vues matérialisées :
REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_classe; REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_famille; REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_group1_inpn; REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_group2_inpn; REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_ordre; REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_phylum; REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_regne; REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete;
1.11.1 (2023-03-04)
🚀 Nouveautés
Compatibilité SQLAlchemy 1.4
Mise à jour des dépendances :
RefGeo 1.3.0
UsersHub-authentification-module 1.6.5
Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.2
Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo 0.2.7
🐛 Corrections
Correction de la documentation
1.11.0 (2023-02-17)
🚀 Nouveautés
Passage à la version 16 de Taxref ainsi que de la BDC statuts, utilisée par défaut pour les nouvelles installations (#366)
Suppression des tables des anciens statuts de protection, remplacés par la BDC statuts (#352) :
taxref_liste_rouge_fr
bib_taxref_categories_lr
taxref_protection_especes
taxref_protection_articles_structure
taxref_protection_articles
Ajout d’une commande permettant d’activer les textes de la BDC_statuts concernant uniquement son territoire (par
area_code
de départements) :flask taxref enable-bdc-statut-text -d <MON_DEP_1> -d <MON_DEP_2> --clean
(#369)
🐛 Corrections
Complément de la gestion des cd_nom négatifs (#357)
⚠️ Notes de version
Si vous souhaitez mettre à jour Taxref, utilisez les scripts présents dans le dossier
/apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref
Si vous mettez à jour TaxHub, assurez-vous que vous n’ayez pas de vues spécifiques qui dépendent des tables supprimées
Si vous mettez à jour Taxref et que vous utilisez GeoNature, mettez à jour les règles de sensibilité suite à la mise à jour de Taxref :
source geonature/backend/venv/bin/activate geonature sensitivity refresh-rules-cache
1.10.8 (2023-01-20)
🚀 Nouveautés
Le paramètre
--keep-cdnom
des scripts de migration de Taxref garde désormais tous les cd_nom supprimés dans la nouvelle version de Taxref, et plus seulement ceux présents dans la tablebib_noms
(#362)Ajout d’un clé primaire sur la table
taxonomie.import_taxref
pour accélérer les migrations de Taxref (#364)
🐛 Corrections
Gestion des cd_nom négatifs (#357)
Ajout d’index sur
vm vm_taxref_list_forautocomplete
pour en améliorer les performances qui avaient été supprimés par erreur dans la version 1.10.3 (#355)Correction d’un code de département dans la commande
populate_bdc_statut_cor_text_area
Correction des scripts de migration de Taxref dans le cas des merges où plus de 2 grappes de cd_nom fusionnent (#365)
Correction de l’encodage de la BDC statuts lors de la migration de Taxref (#361)
💻 Développement
Mise à jour de la version de Node.js (et de la version de npm) en utilisant la LTS (version 18 actuellement) dans le fichier
.nvmvrc
, et non plus la version 10 (#353)Mise à jour des actions Github (#356)
⚠️ Notes de version
Suite à la correction d’un code de département, il est fortement conseillé de relancer le peuplement des données de la table
bdc_statut_cor_text_area
en utilisant la commande suivante :
cd ~/taxhub
source venv/bin/activate
flask taxref link-bdc-statut-to-areas
1.10.7 (2022-12-20)
🐛 Corrections
Correction du bug dans la commande
flask taxref link-bdc-statut-to-areas
Correction du message de confirmation de la commande
flask taxref delete-bdc
1.10.6 (2022-12-14)
🐛 Corrections
Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.6.2
1.10.5 (2022-12-13)
🚀 Nouveautés
Ajout de commandes permettant de gérer la base de connaissance du SINP des statuts des espèces :
flask taxref import-bdc-v14
: utile si vous avez appelezimport-v14
avec--skip-bdc-statuts
flask taxref import-bdc-v15
: utile si vous avez appelezimport-v15
avec--skip-bdc-statuts
flask taxref delete-bdc
: permet de vider les tables de la BDC Statutsflask taxref link-bdc-statut-to-areas
: permet de peupler la tablebdc_statut_cor_text_area
; utile si vous avez importé votre BDC Statuts avec TaxHub ≤ 1.10.4
Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.6.2
Les doublons ont été supprimés des données source de la BDC Statuts afin d’éviter cette lente opération lors de l’intégration dans la base de données.
Les données des départements, nécessaires à la BDC Statuts, sont importées par défaut
Les références à l”
ID_APP
sont supprimées au profit duCODE_APPLICATION
(TH
par défaut)Le dossier des fichiers statiques peut être défini avec la variable d’environnement
TAXHUB_STATIC_FOLDER
Ajout d’un
Dockerfile
et publication automatique des images de celui-ci par Github Action
🐛 Corrections
La table
bdc_statut_cor_text_area
est correctement peuplée lors de l’intégration de la BDC Statuts.Le service systemd ne dépend plus de PostgreSQL pour les cas d’utilisation d’une base de données distante (mais continue de démarrer avant dans le cas d’une base de données locale).
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour TaxHub, peuplez les données de la table
bdc_statut_cor_text_area
en utilisant la commande suivante :
cd ~/taxhub
source venv/bin/activate
flask taxref link-bdc-statut-to-areas
1.10.4 (2022-10-24)
🚀 Nouveautés
Mise à jour de la documentation d’installation
Mise à jour des dépendances :
RefGeo 1.2.0
1.10.3 (2022-10-20)
🐛 Corrections
Correction de la vue matérialisée
vm_taxref_list_forautocomplete
Rendre le stockage des medias sur les services S3 vraiment facultatif
Installer la BDC statuts version 15 avec Taxref v15
1.10.2 (2022-10-06)
🐛 Corrections
Correction du chemin vers les scripts de migration Taxref v15
1.10.1 (2022-09-20)
🐛 Corrections
Ajout de
gunicorn
au requirements.Modification du script de démarrage
systemd
pour lancer TaxHub après PostgreSQL.
1.10.0 (2022-03-31)
⚠️ Si vous utilisez GeoNature, vous devez mettre à jour celui-ci en version 2.10.
🚀 Nouveautés
Passage à la version 15 de Taxref ainsi que de la BDC statuts, utilisée par défaut pour les nouvelles installations (#322)
Mise en place de scripts python pour la mise à jour de Taxref à partir de sa version 15, dans le dossier
apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref
, à la place des scripts shell (#322)Ajout de l’option
--keep-cdnom
aux scripts de mise à jour de Taxref, pour empêcher la suppression des cd_noms manquants (#306)Ajout du champs
group3_inpn
, ajouté dans la v15 de TaxrefAjout des API pour les statuts de protection et de listes rouges (#291)
Ajout d’une table d’association entre les statuts et le référentiel géographique
taxonomie.bdc_statut_cor_text_area
. L’association entre les textes et les statuts est réalisée lorsque le texte est associé à une région ou un département (#323)Possibilité de passer des paramètres de configuration par variable d’environnement préfixée par
TAXHUB_
Fichiers de log :
Les logs sont à présent écrits dans le fichier
/var/log/taxhub/taxhub.log
L’outil
logrotate
est configuré pour assurer la rotation du fichierL’ancien fichier de log
/var/log/taxhub.log
est intouché; vous pouvez le supprimer, ou l’archiver manuellement.
Mise à jour des dépendances :
Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.0
UsersHub-authentification-module 1.6.0
RefGeo 1.1.1
🐛 Corrections
Correction d’un problème lié au double-chargement de Flask en mode développement.
Correction d’un problème au démarrage de Flask lorsque la base de données n’a pas encore été créée.
💻 Développement
Exécution automatique des tests backend avec Github actions
Le code est désormais formaté avec Black; une Github action y veille
Mise à jour de Flask version 1 à 2
Migrations Alembic : possibilité de rendre l’intégration de la BDC statuts optionnelle
Ajout de la dépendance au module RefGeo
Suppression des exemples de taxons (
taxonomie_taxons_example.sql
ettaxonomie_attributes_example.sql
)Création de commandes pour l’insertion des données du référentiel, hors Alembic (#333)
⚠️ Notes de version
Les branches Alembic
taxonomie_inpn_data
,taxonomie_taxons_example
ettaxonomie_attributes_example
ont été supprimées. Après avoir mis à jour TaxHub en version 1.10, vous devez supprimer toutes références à ces dernières, sans quoi Alembic vous indiquera qu’il ne connait pas certains numéros de révision :
(venv)$ flask db exec "delete from public.alembic_version where version_num in ('f61f95136ec3', 'aa7533601e41', '8222017dc3f6')"
Si vous n’utilisez pas GeoNature, vous devez appliquer les évolutions du schéma
taxonomie
depuis TaxHub :Se placer dans le dossier de TaxHub :
cd ~/taxhub
Sourcer le virtualenv de TaxHub :
source venv/bin/activate
Appliquer les révisions du schéma de la base de données :
flask db autoupgrade
Sinon le faire depuis GeoNature
(venv)$ geonature db autoupgrade
, après la mise à jour de ce dernier en version 2.10La mise à jour de la version 14 à 15 de Taxref est désormais réalisée par des scripts python, disponibles dans le dossier
apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref
Les mises à jour précédentes de Taxref jusqu’à la version 14 restent disponibles dans le dossier
data/scripts/update_taxref
Il est possible d’installer TaxHub avec Taxref v14. Pour cela il faut utiliser les commandes suivantes :
flask db upgrade taxonomie@head
flask taxref import-v14 --skip-bdc-statuts
1.9.4 (2022-01-25)
🐛 Corrections
Ordonnancement de la route
/allnamebylist
par identifiant quand aucunsearch_name
ne lui est passé en paramètre (pour ordonner les résultats paginés utilisés par Occtax-mobile)
💻 Développement
Utilisation du paramètre
page
de Flask à la place du paramètre maisonoffset
pour la pagination des routesPossibilité d’utiliser le fichier
config.py
dans les variables d’environnementAjout du fichier de configuration
apptax/test_config.py
pour les tests automatisésChangement du code http 500 en 400 quand l”
id_liste
de la route/allnamebylist
n’est pas trouvé
1.9.3 (2022-01-12)
🐛 Corrections
Correction de la variable
SCRIPT_NAME
(#295)
1.9.2 (2021-12-21)
🚀 Nouveautés
Ajout des champs
licence
etsource
dans le formulaire d’édition (#151)Amélioration de quelques routes
🐛 Corrections
Correction du chemin des médias qui empêchait la récupération des vignettes
Correction de la génération de la documentation sur Readthedocs
Correction de la variable
SCRIPT_NAME
(#295)Suppression de la documentation de l’API qui était cassée
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour TaxHub :
Vous devez modifier le fichier de configuration
apptax/config.py
:Supprimer les lignes suivantes :
# File import os # A SUPPRIMER BASE_DIR = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__)) # A SUPPRIMER
Si vous l’aviez renseignée dans votre configuration, modifier le paramètre
UPLOAD_FOLDER = 'static/medias'
enUPLOAD_FOLDER = 'medias'
1.9.1 (2021-10-19)
🐛 Corrections
Correction d’un bug qui empêchait l’ajout d’une liste
1.9.0 (2021-10-01)
🚀 Nouveautés
Packaging de l’application TaxHub
Passage de
supervisor
àsystemd
Les logs de l’application se trouvent désormais dans le répertoire système
/var/log/taxhub.log
Ajout d’un template de configuration Apache et révision de la documentation sur le sujet
Gestion de la base de données et de ses évolutions avec Alembic
Possibilité d’installer le schéma
taxonomie
avec Alembic sans passer par une application Flask telle que TaxHubAjout de fonctions permettant la recherche du cd_nom ou cd_ref à partir d’un nom latin (
match_binomial_taxref
), et permettant de vérifier si une valeur est bien un cd_ref existant (check_is_cd_ref
) (par @DonovanMaillard)Ajout d’une fonction
find_all_taxons_parents(cd_nom)
retournant les cd_nom de tous les taxons parents d’un cd_nom (par @DonovanMaillard)Ajout de la vue
v_bdc_status
(par @jpm-cbna)Suppression de
ID_APP
du fichier de configuration (auto-détection depuis la base de données)Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.5.3
Mise à jour de Utils-Flask-SQLAlchemy en version 0.2.4
🐛 Corrections
Corrections pour servir TaxHub sur un préfixe (typiquement
/taxhub
)Correction des scripts pour mettre à jour TAXREF (#274 et #283)
Correction de la valeur par défaut du champs
taxonomie.bib_listes.id_liste
(#275)
⚠️ Notes de version
Avec le passage à Alembic pour la gestion de la BDD, les fichiers SQL de création du schéma
taxonomie
ont été déplacés dansapptax/migrations/data/
et ils ne sont plus mis à jour à chaque nouvelle version, car ils sont désormais gérés par des migrations Alembic.
Pour mettre à jour TaxHub :
Suppression de
supervisor
:Vérifier que TaxHub n’est pas lancé par supervisor :
sudo supervisorctl stop taxhub
Supprimer le fichier de configuration de supervisor
sudo rm /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf
Si supervisor n’est plus utilisé par aucun service (répertoire
/etc/supervisor/conf.d/
vide), il peut être désinstallé :sudo apt remove supervisor
Installer le paquet
python3-venv
nouvellement nécessaire :sudo apt install python3-venv
Déplacer le fichier de configuration
config.py
situé à la racine de TaxHub dans le sous-dossierapptax
Suivre la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
Si vous servez TaxHub sur un préfixe (e.g.
/taxhub
), rajouter dansconfig.py
le paramètre suivant :APPLICATION_ROOT = '/taxhub'
Passage à
systemd
:Le fichier
/etc/systemd/system/taxhub.service
doit avoir été installé par le scriptinstall_app.sh
Pour démarrer TaxHub :
sudo systemctl start taxhub
Pour activer le lancement automatiquement de TaxHub au démarrage :
sudo systemctl enable taxhub
Révision de la configuration Apache :
Le script d’installation
install_app.sh
aura installé le fichier/etc/apache2/conf-available/taxhub.conf
permettant de servir TaxHub sur le préfixe/taxhub
.Vous pouvez utiliser ce fichier de configuration soit en l’activant (
sudo a2enconf taxhub
), soit en l’incluant dans la configuration de votre vhost (Include /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf
).Si vous gardez votre propre fichier de configuration et que vous servez TaxHub sur un préfixe (typiquement
/taxhub
), assurez vous que ce préfixe figure bien également à la fin des directivesProxyPass
etProxyPassReverse
comme c’est le cas dans le fichier/etc/apache2/conf-available/taxhub.conf
.Si vous décidez d’utiliser le fichier fourni, pensez à supprimer votre ancienne configuration apache (
sudo a2dissite taxhub && sudo rm /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf
).
Si vous n’utilisez pas GeoNature, vous devez appliquer les évolutions du schéma
taxonomie
depuis TaxHub :Se placer dans le dossier de TaxHub :
cd ~/taxhub
Sourcer le virtualenv de TaxHub :
source venv/bin/activate
Indiquer à Alembic que vous possédez déjà la version 1.8.1 du schéma
taxonomie
et les données d’exemples :flask db stamp 3fe8c07741be
Indiquer à Alembic que vous possédez les données INPN en base :
flask db stamp f61f95136ec3
Appliquer les révisions du schéma
taxonomie
:flask db upgrade taxonomie@head
1.8.1 (2021-07-01)
🐛 Corrections
Correction de la migration Taxref v11 vers v13 pour les versions de PostgreSQL <12
⚠️ Notes de version
Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires
1.8.0 (2021-06-22)
🚀 Nouveautés
Passage à la version 14 de Taxref, utilisée par défaut pour les nouvelles installations
Intégration du référentiel BDC statuts (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/bdc-statuts-especes), peuplé lors du passage à Taxref v14. Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature les anciens statuts de protection et les listes rouges sont toujours présents (#157)
Support du stockage des medias sur les services de stockages S3 (#248 par @jbdesbas)
Ajout d’un champs
code_liste
dans la tabletaxonomie.bib_listes
pour utiliser des codes plutôt que des identifiants et faciliter l’interopérabilité des données entre outilsAjout d’un paramètre
fields
à la route/taxref/search/
afin de pouvoir récupérer dans la réponse des champs supplémentaires selon les besoins (#243)Recherche non sensible aux accents pour la route
allnamebylist
Mise à jour de AngularJS en version 1.8.0
Mise à jour de différentes dépendances Python
🐛 Corrections
Correction de la génération des vignettes des images
⚠️ Notes de version
Exécuter la commande suivante pour ajouter l’extension PostgreSQL
unaccent
, en remplaçant la variable$db_name
par le nom de votre BDD :sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "unaccent";'
Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.3to1.8.0.sql)
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
Vous pouvez exécuter la mise à jour vers Taxref v14, en suivant la procédure et les scripts dédiés (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref). Cela peuplera aussi la BDC statuts.
Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature, laissez les
code_liste
au format numérique pour le moment
1.7.3 (2020-09-29)
🚀 Nouveautés
Ajout de tests unitaires
Mise à jour des dépendances (
psycopg2
etSQLAlchemy
)
🐛 Corrections
Correction d’un bug sur la récupération des attributs des taxons (#235 par @jbdesbas)
Script de récupération des médias sur INPN. Le script continue lorsqu’un appel à l’API renvoie un autre code que 200
1.7.2 (2020-07-03)
🚀 Nouveautés
Ajout du nom vernaculaire (
nom_vern
) dans la vue matérialiséetaxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete
et dans la route associée (api/taxref/allnamebylist/
)
🐛 Corrections
Correction de la pagination des routes quand le paramètre
offset
est égal à zéro (nécessaire pour Sync-mobile)
⚠️ Notes de version
Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.1to1.7.2.sql)
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
1.7.1 (2020-07-02)
🐛 Corrections
Correction et homogénéisation des paramètres
offset
etpage
sur toutes les routes (#229)Correction de la route de récupération de la configuration sans le « / » (#228)
Suppression des doublons de la route
allnamebylist
, entrainant un nombre de résultats différent du paramètrelimit
fourni
1.7.0 (2020-06-17)
🚀 Nouveautés
Mise à jour de Taxref en version 13
Intégration brute de la Base de connaissance des statuts des espèces correspondant à la version 13 de Taxref, en vue de la révision des statuts de protection (#157)
Migration de la librairie OpenCV vers PIL (plus légère) pour le redimensionnement des images et suppression de la librairie dépendante NumPy (#209)
Mise à jour des librairies Python (Flask 1.1.1, Jinja 2.11.1, Werkzeug 1.0.0, gunicorn20.0.4) et Javascript (AngularJS 1.7.9, Bootstrap 3.4.1)
Suppression du paramètre
id_application
du fichierstatic/app/constants.js
de façon à ce qu’il soit récupéré de façon dynamiqueAjout de fonctions génériques de détection, suppression et création des vues dépendantes dans le schéma
public
(data/generic_drop_and_restore_deps_views.sql
)Route
allnamebylist
enrichie avec un paramètreoffset
pour que l’application Occtax-mobile puisse récupérer les taxons par lots (#208)Utilisation du
cd_sup
au lieu ducd_taxsup
dans la fonctiontaxonomie.find_all_taxons_children()
pour prendre en compte les rangs intermediairesAjout de la colonne famille au modèle
VMTaxrefHierarchie
(#211)Ajout d’un manuel administrateur listant les fonctions SQL de la BDD (par @jbdesbas)
Révision et compléments de la documentation (par @ksamuel)
Ajout d’un lien vers le manuel utilisateur depuis la barre de navigation de l’application
Changement de modélisation de la table
vm_taxref_list_forautocomplete
qui redevient une vue matérialisée (#219). A rafraichir quand on met à jour Taxref
🐛 Corrections
Correction d’un bug de suppression des attributs suite à une erreur d’enregistrement (#80)
Correction d’un bug lors de la modification d’un média
Correction des doublons (#216) et des noms manquants (#194) dans la vue matérialisée
vm_taxref_list_forautocomplete
(#219)Impossibilité d’associer une valeur nulle à un attribut
Nettoyage et suppression des scripts SQL et de leurs mentions à GeoNature v1 et UsersHub v1
⚠️ Notes de version
Vous pouvez supprimer le paramètre
id_application
du fichierstatic/app/constant.js
car il n’est plus utiliséVous pouvez supprimer les anciennes listes de taxons qui correspondaient à des groupes utilisés par GeoNature v1 (Flore, Fonge, Vertébrés, Invertébrés, Amphibiens, Oiseaux, Poissons…)
Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.5to1.7.0.sql)
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
Vous pouvez mettre à jour Taxref en version 13 avec la documentation et les scripts du dossier
data/scripts/update_taxref/
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref)
1.6.5 (2020-02-17)
Corrections
Compatibilité Python > 3.5 : utilisation de
<ImmutableDict>.to_dict()
pour convertir le résultat d’un formulaire en dictionnaire (Corrige le bug d’ajout de média)
Notes de version
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application>
1.6.4 (2020-02-13)
Corrections
Logging des erreurs lorsque des exceptions sont attrapées (évite les erreurs silencieuses)
Gestion des taxons synonymes dans la vue gérant la recherche des taxons (
vm_taxref_list_forautocomplete
)Modification de la méthode d’installation du virtualenv
Utilisation de nvm pour installer node et npm (uniformisation avec GeoNature)
Notes de version
Exécuter le script de migration SQL (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.3to1.6.4.sql>)
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
1.6.3 (2019-07-16)
Nouveautés
Intégration du trigramme dans le champs de recherche de taxon de TaxHub
Route de recherche de taxon : Possibilité de limiter à un rang
Ajout de la fonction
taxonomie.find_all_taxons_children
qui renvoie tous les taxons enfants d’un taxon à partir d’uncd_nom
Mise à jour de OpenCV en 3.4.2
Corrections
Suppression de l’index
taxref.i_taxref_cd_nom
inutile (#192)
Notes de version
Exécuter le script de migration SQL (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.2to1.6.3.sql)
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
1.6.2 (2019-02-27)
Nouveautés
Ajout du rang de l’espèce et du cd_nom sur l’API de recherche des taxons (autocomplete dans la table
vm_taxref_list_forautocomplete
), utilisée par GeoNature
Corrections
Ajout d’index uniques pour le rafraichissement des vues matérialisées
Correction de l’index sur la table
taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete
pour le trigrammeCentralisation des logs supervisor et gunicorn dans un seul fichier (
taxhub_path/var/log/
)
Note de version
Afin que les logs de l’application (supervisor et gunicorn) soient tous écrits au même endroit, modifier le fichier
taxhub-service.conf
(sudo nano /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf
). A la lignestdout_logfile
, remplacer la ligne existante par :stdout_logfile = /home/<MON_USER>/taxhub/var/log/taxhub-errors.log
(en remplaçant<MON_USER>
par votre utilisateur linux)Pour ne pas avoir de conflits de sessions d’authentification entre TaxHub et GeoNature, ajouter une variable
ID_APP
dans le fichier de configurationconfig.py
et y mettre l’identifiant de l’application TaxHub tel qu’il est inscrit dans la tableutilisateurs.t_applications
. Exemple :ID_APP = 2
Exécuter le script de migration SQL : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.1to1.6.2.sql
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
1.6.1 (2019-01-21)
Corrections
Mise à jour de la version du sous-module d’authentification
Mise à jour de SQLAlchemy
Utilisation par défaut du mode d’authentification plus robuste (
hash
)Clarification des notes de version
Notes de version
Si vous mettez à jour depuis la version 1.6.0, passez le paramètre
PASS_METHOD
àhash
dans le fichierconfig.py
Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes de versions de chaque version
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
1.6.0 (2019-01-15)
Nouveautés
Ajout et utilisation de l’extension PostgreSQL
pg_tgrm
permettant d’améliorer la pertinence de recherche d’une espèce au niveau de l’API d’autocomplétion de TaxHub, utilisée dans GeoNature, en utilisant l’algorithme des trigrammes (http://si.ecrins-parcnational.com/blog/2019-01-fuzzy-search-taxons.html)Suppression du SQL local du schéma
utilisateurs
pour utiliser celui du dépôt de UsersHub (#165)Compatibilité avec UsersHub V2 (nouvelles tables et vues de rétrocompatibilité)
Ajout d’un taxon synonyme dans les données d’exemple
Corrections
Import médias INPN - Prise en compte de l’import de photos de synonymes
Corrections du manuel utilisateur (https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/manuel.html)
Retour en arrière sur la configuration Apache et l’ajout du ServerName pour les redirections automatiques sans
/
mais précision dans la documentation : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache (#125)Correction des listes déroulantes à choix multiple pour afficher les valeurs et non les identifiants (par @DonovanMaillard)
Notes de version
Exécuter la commande suivante pour ajouter l’extension PostgreSQL
pg_trgm
, en remplaçant la variable$db_name
par le nom de votre BDD :sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"
Vous pouvez adapter la configuration Apache de TaxHub pour y intégrer la redirection sans
/
à la fin de l’URL (https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache)Exécutez le script de mise de la BDD : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.5.1to1.6.0.sql
Suivez la procédure habituelle de mise à jour de TaxHub: https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
1.5.1 (2018-10-17)
Nouveautés
Script d’import des médias depuis l’API INPN (
data/scripts/import_inpn_media
)Création d’un manuel d’utilisation dans la documentation : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/manuel.html (merci @DonovanMaillard)
Amélioration de la configuration Apache pour que l’URL de TaxHub sans
/
à la fin redirige vers la version avec/
(#125)
Corrections
Remise à zéro des séquences
Notes de versions
Suivez la procédure classique de mise à jour de TaxHub
Exécutez le script de mise à jour de la BDD TaxHub (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.5.0to1.5.1.sql)
1.5.0 (2018-09-19)
Nouveautés
Ajout de la possibilité de filtrer les attributs par
id_theme
ouid_attribut
au niveau de la routetaxoninfo
Ajout de routes pour récupérer
bib_taxref_habitats
etbib_taxref_categories_lr
(listes rouges nationales)Installation : Ajout de paramètres permettant de mieux définir les données à intégrer et séparation des scripts SQL, notamment pour ne pas imposer d’intégrer toutes les données nécéessaires à GeoNature V1 (attributs et listes)
Mise à jour de Flask (0.11.1 à 1.0.2), Jinja, psycopg2 et Werkzeug
1.4.1 (2018-08-20)
Corrections
Correction de l’enregistrement lors du peuplement d’une liste
1.4.0 (2018-07-12)
Nouveautés
Migration de Taxref 9 à 11 et scripts de migration (#155 et #156)
Ajout d’un champ
comments
à la tablebib_noms
et dans le formulaire de saisiePassage du champ
bib_noms.nom_francais
en varchar(1000), du champtaxref.nom_vern
en varchar(1000) et du champtaxref.lb_auteur
en varchar(250)Amélioration des logs et mise en place d’une rotation des logs
Création d’une fonction pour créer les répertoires système (
create_sys_dir()
)Amélioration de la vue permettant de rechercher un taxon (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/334)
Note de version
Ajouter le mode d’authentification dans
config.py
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/87fbb11d360488e97eef3a0bb68f566744c54aa6/config.py.sample#L25)Exécutez les scripts de migration de Taxref 9 à 11 (
data/scripts/update_taxref_v11/
) en suivant les indications de https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/156Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.3.2to1.4.0.sql)
Suivez la procédure générique de mise à jour de l’application
1.3.2 (2017-12-15)
Nouveautés
Optimisation du chargement des noms dans les listes
Optimisation des requêtes
Affichage du rang sur les fiches des taxons/noms
Ajout d’un champ
source
etlicence
pour les médias (sans interface de saisie pour le moment). Voir #151, #126Script de récupération de médias depuis mediawiki-commons (expérimental). Voir #150
Ajout d’un service de redimensionnement à la volée des images (http://URL_TAXHUB/api/tmedias/thumbnail/2241?h=400&w=600 où 2241 est l’id du média). Il est aussi possible de ne spécifier qu’une largeur ou une hauteur pour que l’image garde ses proportions sans ajouter de bandes noires. Voir #108
Correction et compléments documentation (compatibilité Debian 9 notamment)
Compatibilité avec Python 2
Corrections
Ajout d’une liste vide impossible #148
Enregistrement d’un attribut de type select (bug de la version 1.3.1, ce n’était pas la valeur qui était enregistrée mais l’index)
Note de version
Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.2 mais en suivant les différentes notes de version.
Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
data/update1.3.1to1.3.2.sql
Suivez la procédure générique de mise à jour de l’application
1.3.1 (2017-09-26)
Corrections
Optimisation des performances pour le rafraichissement d’une vue matérialisée qui est devenue une table controlée (
vm_taxref_list_forautocomplete
) par trigger (trg_refresh_mv_taxref_list_forautocomplete
). Voir #134Utilisation du nom francais de la table
bib_noms
pour la tablevm_taxref_list_forautocomplete
. Cette table permet de stocker les noms sous la formenom_vern|lb_nom = nom_valide
pour les formulaires de recherche d’un taxon.Dans la liste taxref, tous les noms étaient considérés comme nouveaux (plus de possibilité de modification)
Note de version
Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.1 mais en suivant les différentes notes de version.
Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
data/update1.3.0to1.3.1.sql
1.3.0 (2017-09-20)
Nouveautés
Ajout d’un trigger assurant l’unicité de la photo principale pour chaque cd_ref dans la table
taxonomie.t_medias
. Si on ajoute une photo principale à un taxon qui en a déjà une, alors la précédente bascule en photoPerformances dans les modules TaxRef et Taxons : au lieu de charger toutes les données côté client, on ne charge que les données présentes à l’écran et on lance une requête AJAX à chaque changement de page ou recherche
Valeurs des listes déroulantes des attributs par ordre alphabétique
Formulaire BIB_NOMS : Les champs
nom latin
,auteur
etcd_nom
ne sont plus modifiables car ce sont des infos venant de TaxRef.Performances de la BDD : création d’index sur la table Taxref
Suppression de Taxref du dépôt pour le télécharger sur http://geonature.fr/data/inpn/ lors de l’installation automatique de la BDD
Ajout de nombreuses fonctions et vues matérialisées dans la BDD : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/develop/data/update1.2.0to1.3.0.sql
Nettoyage et amélioration des routes de l’API
Note de version
Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
data/update1.2.0to1.3.0.sql
Installer Python3 :
sudo apt-get install python3
Installer Supervisor :
sudo apt-get install supervisor
Compléter le fichier
settings.ini
avec les nouveaux paramètres sur la base de la version par défaut (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/settings.ini.sample)Supprimer le paramètre
nb_results_limit
du fichierstatic/app/constants.js
(voir https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/static/app/constants.js.sample)Arrêter le serveur HTTP Gunicorn :
make prod-stop
Lancer le script d’installation :
./install_app.sh
Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.0 mais en suivant les notes de version de la 1.2.0.
1.2.1 (2017-07-04)
Nouveautés
Correction de la conf Apache pour un accès à l’application sans le slash final dans l’URL
Retrait du « v » dans le tag de la release
Note de version
Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.2.1 mais en suivant les notes de version de la 1.2.0.
1.2.0 (2017-06-21)
Nouveautés
Ajout de toutes les fonctionnalités de gestion des listes ainsi que des noms de taxons qu’elles peuvent contenir.
Possibilité d’exporter le contenu d’une liste de noms en CSV.
Correction du fonctionnement de la pagination.
Permettre la validation du formulaire d’authentification avec la touche
Entrer
.Bib_noms : ajout de la possibilité de gérer le multiselect des attributs par checkboxs.
Utilisation de gunicorn comme serveur http et mise en place d’un makefile.
Suppression du sous-module d’authentification en tant que sous module git et intégration de ce dernier en tant que module python.
Mise à jour de la lib psycopg2.
Installation : passage des requirements en https pour les firewall.
Note de version
Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
data/update1.1.2to1.2.0.sql
.Exécutez le script install_app.sh qui permet l’installation de gunicorn et la mise à jour des dépendances python et javascript.
Attention
TaxHub n’utilise plus wsgi mais un serveur HTTP python nommé
Gunicorn
. Il est nécessaire de revoir la configuration Apache et de lancer le serveur http Gunicorn
Activer le mode proxy de Apache
sudo a2enmod proxy
sudo a2enmod proxy_http
sudo apache2ctl restart
Supprimer la totalité de la configuration Apache concernant TaxHub et remplacez-la par celle-ci :
# Configuration TaxHub
<Location /taxhub>
ProxyPass http://127.0.0.1:8000/
ProxyPassReverse http://127.0.0.1:8000/
</Location>
# FIN Configuration TaxHub
Redémarrer Apache :
sudo service apache2 restart
Lancer le serveur HTTP Gunicorn :
make prod
Si vous voulez arrêter le serveur HTTP Gunicorn :
make prod-stop
L’application doit être disponible à l’adresse : http://monserver.ext/taxhub
1.1.2 (2017-02-23)
Nouveautés
Correction du code pour compatibilité avec Angular 1.6.1.
Passage à npm pour la gestion des dépendances (librairies).
Mise à jour du sous-module d’authentification.
Ajout de la liste des gymnospermes oubliés.
Création d’une liste
Saisie possible
, remplaçant l’attributSaisie
. Cela permet de choisir les synonymes que l’on peut saisir ou non dans GeoNature en se basant sur lescd_nom
(bib_listes
etcor_nom_liste
) et non plus sur lescd_ref
(bib_attributs
etcor_taxon_attribut
).Création d’une documentation standard de mise à jour de l’application.
Bugfix (cf https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/100).
Note de version
Exécutez la procédure standard de mise à jour de l’application (http://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application)
Si vous n’avez pas déjà fait ces modifications du schéma
taxonomie
depuis GeoNature (https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/data/update_1.8.2to1.8.3.sql#L209-L225), exécutez le script SQL de mise à jour de la BDDdata/update1.1.1to1.1.2.sql
.Si vous ne l’avez pas fait côté GeoNature, vous pouvez supprimer l’attribut
Saisie
après avoir récupéré les informations dans la nouvelle liste avec ces lignes de SQL : https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/data/update_1.8.2to1.8.3.sql#L307-L314Rajoutez le paramètre
COOKIE_AUTORENEW = True
dans le fichierconfig.py
.
1.1.1 (2016-12-14)
Nouveautés
Fixation et livraison des librairies suite à l’arrivée d’AngularJS1.6 (suppression du gestionnaire de dépendances bower)
Mise à disposition des listes rouges (non encore utilisé dans l’application)
Note de version
Exécutez la procédure standard de mise à jour de l’application (http://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application)
Mettre à jour la base de données
Exécuter la commande suivante depuis la racine du projet TaxHub
unzip data/inpn/LR_FRANCE.zip -d /tmp
Exécuter le fichier
data/update1.1.0to1.1.1.sql
1.1.0 (2016-11-17)
Nouveautés
Bugfix
Ajout d’un titre à l’application
Gestion des valeurs
null
et des chaines videsCorrection de l’installation
Correction de l’effacement du type de média dans le tableau après enregistrement
Ajout d’une clé étrangère manquante à la création de la base de données
Ajout des listes rouges INPN (en BDD uniquement pour le moment)
Compléments sur les attributs des taxons exemples
Ajout d’une confirmation avant la suppression d’un media
Champ
auteur
affiché au lieu du champdescription
dans le tableau des médiasModification du type de données pour l’attribut
milieu
Possibilité de choisir pour l’installation du schéma
utilisateurs
- en local ou en Foreign Data WrapperMeilleure articulation et cohérence avec UsersHub, GeoNature et GeoNature-atlas
Amélioration en vue d’une installation simplifiée
1.0.0 (2016-09-06)
Première version fonctionnelle et déployable de TaxHub (Python Flask)
Fonctionnalités
Visualisation de Taxref
Gestion du catalogue de noms d’une structure
Association de données attributaires aux taxons d’une structure
Association de médias aux taxons d’une structure
0.1.0 (2016-05-12)
Première version de TaxHub, développée avec le framework PHP Symfony
Permet de lister le contenu de TaxRef, le contenu de
taxonomie.bib_taxons
, de faire des recherches, d’ajouter un taxon à
taxonomie.bib_taxons
depuis TaxRef et d’y renseigner ses propres
attributs.
L’ajout d’un taxon dans des listes n’est pas encore développé.
Le MCD a été revu pour se baser sur taxonomie.bib_attributs
et non
plus sur les filtres de bib_taxons
mais il reste encore à revoir le
MCD pour ne pas pouvoir renseigner différemment les attributs d’un même
taxon de référence - https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/71
A suivre : Remplacement du framework Symfony (PHP) par Flask (Python) - https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/70
0.0.1 (2015-04-01)
Création du projet et de la documentation