MANUEL ADMINISTRATEUR

Commandes

flask taxref info : Indique le nombre de taxons et de status contenus dans la base de données
flask taxref link-bdc-statut-to-areas : Permet d’associer les statuts aux départements contenus dans le Ref_geo
flask taxref enable-bdc-statut-text -d <MON_DEP_1> -d <MON_DEP_2> --clean : Permet d’activer les statuts par départements. Il est possible de spécifier plusieurs départements (par code_area).
flask taxref delete : Supprimer toutes les données Taxref.
flask taxref delete-bdc: Supprimer la base de connaissance des statuts.
flask taxref import-bdc-v18 : Importer la base de connaissance des statuts (existe également pour les versions antérieures).
flask taxref import-v18: Importer Taxref et la base de connaissance des statuts (existe également pour les versions antérieures)
- --skip-bdc-statuts: Ne pas importer la base de connaissance des statuts
- --taxref-region : Pour prendre en compte la région Taxref (colonne « fr », « gf », « mar », « gua »… de Taxref) pour remplir la colonne taxonomie.taxref.id_statut (« fr » par défaut)

Si vous utilisez TaxHub intégré à GeoNature, flask est à remplacer par geonature dans toutes les commandes indiquées dans la documentation.

Import de médias externes

flask taxref import-inpn-media list_cd_ref.csv : Import des médias depuis l’API de l’INPN. Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre un fichier CSV contenant une liste de cd_nom

[!WARNING] L’api de l’inpn n’est plus disponible. Cette commande est temporairement inutilisable

flask taxref import-wikidata-media list_cd_ref.csv : Import des médias depuis l’API de wikidata. Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre un fichier CSV contenant une liste de cd_nom
flask taxref import-gbif-media list_cd_ref.csv : Import des médias depuis l’API de gbif. Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre un fichier CSV contenant une liste de cd_nom

option	commande	Type	Défaut	Obligatoire	Description
file	inpn, gbif, wikidata	Path		Oui	Chemin vers le fichier CSV contenant une colonne avec les cd_ref ou cd_nom.
–wd-media-prop	wikidata	str	P18		Code de la propriété Wikidata a utiliser : - P18 : image - P51 : son
–media-type-id	gbif, wikidata	int	2		Code du type de média dans TaxHub : - 2 : image - 5 : audio
–nb-max	gbif	int	3		Nombre maximal de média importé (sur 20 images récupérés)

Pour générer une liste de cd_nom, vous pouvez vous appuyer sur vos données d’observations. Par exemple, si vous utilisez GeoNature, vous pouvez générer une liste des cd_nom disposant d’au moins une observation avec la requête SELECT DISTINCT cd_nom FROM gn_synthese.synthese.

Mise à jour de Taxref

Un ensemble de commandes permettent de réaliser un changement de version de Taxref.

La documentation détaillée est accessible ici : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/update-taxref-version.html

Mise à jour de la BDC statuts

Les nouvelles versions de la base de connaissance des statuts sont fournies et mises à jour en même temps que chaque mise à jour de Taxref. Mais en cas de version intermédiaire de la BDC statuts, il est possible de la mettre à jour en procédant de la façon suivante :

# Suppression des données de la BDC statuts
flask taxref delete-bdc
# Import de la nouvelle version
flask taxref import-bdc-v18
# Optionnel : activation/désactivation des textes en fonction du contexte géographique
flask taxref enable-bdc-statut-text -d <MON_DEP_1> -d <MON_DEP_2> --clean

Gestion des permissions

Attention :

Si vous avez installé TaxHub via GeoNature, les permissions ne sont pas gérées de la même manière et sont uniquement pilotées par le module de gestion des permissions de GeoNature (voir la documentation de GeoNature à ce sujet).

Si vous avez installé TaxHub indépendamment (standalone), la gestion des permissions de l’application TaxHub se fait via les « profils » UsersHub :

Profils 2 : peut ajouter / modifier des médias et attributs sur les taxons. Peut ajouter / enlever des taxons dans des listes
Profil 6 = peut en plus administrer toutes les tables : création / modification / suppression de listes, d’attributs, et de thèmes

Fonctions SQL

La base de données comprend plusieurs fonctions permettant d’utiliser plus aisément le référentiel Taxref.

Arbre taxonomique

find_cdref(cd_nom int) --> int : cd_ref d’un taxon
find_cdref_sp(cd_nom int) --> int : cd_nom de l’espèce de référence s’il s’agit d’une espèce ou d’un taxon infra-spécifique. Retourne NULL s’il s’agit d’un taxon supra-spécifique.
find_all_taxons_children(cd_nom int) --> int[] : Les cd_nom des taxons inférieurs au taxon en entrée.
find_all_taxons_children(cd_nom int[]) --> table : Les cd_nom des taxons inférieurs aux taxons en entrée.
find_all_taxons_parents(cd_nom int) --> int[] : Les cd_nom des taxons supérieurs au taxon en entrée, du plus bas vers le plus haut (domaine).
find_all_taxons_parents_t(cd_nom int) --> table : Les cd_nom des taxons supérieurs au taxon en entrée, du plus bas vers le plus haut (domaine). Sous forme de table avec le rang indiqué.
find_lowest_common_ancestor(cd_nom1 int, cd_nom2 int) --> int : cd_ref de l’ancêtre commun le plus récent à deux taxons.
find_regne(cd_nom int) --> text : Libellé du règne du taxon.
check_is_cd_ref(mycdnom integer) --> boolean : True si l’argument donné est un cd_ref existant
match_binomial_taxref(mytaxonname character varying) : Cd_nom ou Cd_ref correspondant au nom latin donné en argument (si un seul cd possible, sinon NULL)