# CHANGELOG

## 2.3.1 (12-03-2026)

### 🚀 Nouveautés

- Mise à jour des dépendances Python (#680 par @jacquesfize)
- Documentation de la configuration de l'externalisation du stockage des médias sur un serveur S3 (#580 par @PaulLabruyere)

### 🐛 Corrections

- Amélioration des performances d'import d'une liste de taxons depuis un fichier CSV (#683 par @andriacap)
- Correction du lien vers les taxons d'une liste (#682 par @amandine-sahl)
- Correction du nombre de noms quand on filtre Taxref avec une liste (#682 par @amandine-sahl)

## 2.3.0 (25-02-2026)

### 🚀 Nouveautés

- Intégration de la commande d'import des médias Wikidata dans les commandes TaxHub (#661, par @amandine-sahl)
- Intégration de la commande d'import des images GBIF dans les commandes TaxHub (#661, par @amandine-sahl)
- Ajout des paramètres `MEDIA_SUBFOLDER` et `THUMB_SUBFOLDER` permettant la séparation des dossiers des médias et des vignettes. Utile dans le cas du stockage des médias dans S3 (#580, #673, par @PaulLabruyere et @amandine-sahl)
- Ajout des filtres par famille et ordre dans la liste de taxons (onglet "Taxref") (#667, par @TheoLechemia)
- Suppression des anciens scripts de migration de Taxref (#671, par @amandine-sahl)
- Documentation et amélioration des tests de la commande d'import et de mise à jour de la BDC_STATUTS (#665, par @amandine-sahl)

### 🐛 Corrections

- [Média] Correction de la récupération des vignettes qui interrogeait à chaque fois le média source (#658, par @amandine-sahl)
- [Média] Correction du bug de création de vignette quand les paramètres de hauteur et de largeur sont renseignés (#646, par @jacquesfize)

## 2.2.3 (19-09-2025)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout de l'export des taxons depuis la liste Taxref. L'export prend en compte les filtres de recherche. Le nombre de taxons exportés est limité à 10000 (#632, #638).
- Ajout d'une page d'information reprenant les données affichées par la commande `[flask|geonature] taxref info` (#328, #637) :
  - Version du Taxref et date de la dernière mise à jour
  - Nombre de textes de la BDC statuts et nombre de textes activés
  - Version de TaxHub
- Ajout de complément de documentation (#635)

### 🐛 Corrections

- [BDC_STATUTS_V18] Prise en compte des `CD_SIG` WORLD et EUROPE ainsi que des nouvelles régions dans la mise en place de la relation entre les textes et le ref_geo (#578, #633)
- [Commande `import-inpn-media`] Prise en compte du cas où une même URL de média est présente plusieurs fois dans la base de données (#625)
- [Admin] Rétablissement de la possibilité de chargement de medias autres que des images (#641)
- [Média] Utilisation d'un user_agent lors de la récupération des médias via leur url. Correction de l'erreur 403 avec WikiMedia. (#276, #641)

### ⚠️ Notes de version

- Mettre à jour la relation entre les textes de la BDC_STATUTS et le ref_geo `[flask|geonature] taxref link-bdc-statut-to-areas`
- Si vous aviez désactivé les statuts en dehors de votre territoire, mettez à jour la liste des textes de la BDC_STATUTS actifs via la commande `[flask|geonature] taxref enable-bdc-statut-text -d MON_DEP [-d MON_DEP2] [--clean]`

Par @amandine-sahl, @jacquesfize, @lpofredc, @pierre56, @ThibautMn et @camillemonchicourt

## 2.2.2 (2025-07-07)

### 🐛 Corrections

- Correction du problème d'affichage et de suppression des attributs de taxon de type `textarea` (#629 par @jacquesfize)
- Complément de la migration supprimant la table `bib_noms`, en supprimant les éventuelles vues `v_bibtaxon_attributs` (#626 par @amandine-sahl)
- Correction de la route de génération des miniatures des images qui étaient mal dimensionnées si on ne précisait que la hauteur (#631 par @jacquesfize et @TheoLechemia)
- Migration Taxref - Les cd_noms disparus avec un cd_nom de remplacement identique au cd_nom d'origine sont ignorés (#628 par @amandine-sahl)

## 2.2.1 (2025-05-23)

### 🐛 Corrections

- Montée de version de Pillow pour la compatibilité avec Python 3.13 (#620 par @jacquesfize)

## 2.2.0 (2025-05-22)

### 🚀 Nouveautés

- [Taxref] Ajout de l'installation et de la migration de [Taxref v18](https://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/taxref/18.0/menu) (#597 par @amandine-sahl)

  - Ajout de la table `taxref_liens`
  - Modification de la table `taxref` : ajout des colonnes `cd_ba` et `nomenclatural_comment`
  - Ajout d'une contrainte d'intégrité entre `taxref` et `cor_taxon_attribut`
  - Mise à jour de `cor_nom_liste` quand un cd_nom est supprimé de Taxref avec un cd_nom de remplacement déjà présent dans la table `cor_nom_liste`
  - Suppression de l’exécution du `VACUUM FULL` lors de la migration de Taxref, remplacé par un message suggérant son exécution (#532, #607)
  - Suppression du contenu de la table `taxonomie.bdc_statut` après la migration de Taxref (#596)

- Ajout d'une route `/taxref/{cd_nom}/parents` permettant de renvoyer les parents d'un taxon (#603, par @edelclaux)
- Ajout du support de Python 3.13 et Debian 13 (#612 par @bouttier)

### 🐛 Corrections

- [Migration Taxref] Mise à jour de la table `cor_nom_liste` dans le cas d'une disparition de `cd_nom` avec un `cd_nom` de remplacement déjà présent dans `cor_nom_liste`
- [Migration Taxref] L'ensemble des tests sont réalisés même en cas d'erreur
- [Migration Taxref] Allongement de la taille du colonne de table de migration (#604)
- [Flask-Admin] Correction de l'affichage des attributs de type `int` et `text` (#608 par @amandine-sahl)

### ⚠️ Notes de version

- Pour les installations de TaxHub standalone (sans GeoNature) veuillez ajouter le paramètre `localsrid` (correspondant au SRID local de votre BDD) dans le fichier `settings.ini` (#614 par @TheoLechemia)

## 2.1.2 (2025-02-13)

**🚀 Corrections**

- Bug lors de l'édition d'une fiche taxon ayant un attribut contenant un caractère spécial (#598, par @amandine-sahl)
- Ajout d'un paramètre `orderby` permettant d'ordonner les résultats de la route `/taxref` (régression de la version 2 de TaxHub). Par défaut le tri est réalisé sur la colonne `cd_nom` (#599, par @amandine-sahl).
- Mise à jour des dépendances (#577, par @Pierre-Narcisi, @amandine-sahl).

## 2.1.1 (2024-01-14)

### 🚀 Nouveautés

- La limite du nombre de caractères de la colonne `source` des médias est supprimée (#592, par @jacquesfize & @amandine-sahl)
- Ajout de la possibilité d'indiquer seulement la hauteur ou la largeur de la minitiature souhaitée sur la route `/thumbnail/<int:id_media>` (#593, par @jacquesfize)

## 2.1.0 (2024-12-06)

### 🚀 Nouveautés

- Optimisation de la VM `vm_taxref_tree` pour en améliorer les performances et gérer différents cas où des taxons locaux ont été ajoutés à la table `taxref` (#587 par @bouttier)
- Ajout d'une route `/tmedias/types/` renvoyant la liste des types de médias (#588 par @amandine-sahl)
- Amélioration des performances de la route `/biblistes/` (#584 par @andriacap)
- Ajout de la possibilité de filtrer la route `/taxref/` par une liste de cd_nom (#581 par @amandine-sahl)

## 2.0.0 (2024-10-29)

- Refonte globale de l'interface de TaxHub avec Flask-admin, pour simplifier son développement et sa maintenance, mais aussi permettre de l'intégrer complètement dans le module "Admin" de GeoNature.
- Si vous utilisez GeoNature, TaxHub sera désormais intégré à celui-ci dans le module "Admin" et il ne sera plus nécessaire de l'installer, l'administrer ni le mettre à jour indépendamment.
- Compatibilité avec GeoNature 2.15.0 minimum.

### 🚀 Nouveautés

- Refonte majeure de l'interface. Migration de Angular JS à Flask-Admin (#297, #377, par @amandine-sahl, @TheoLechemia, @jacquesfize)
- Suppression de la table `bib_noms`. Les attributs et médias sont désormais directement associés à la table `taxref`. Cela simplifie la gestion des taxons par les administrateurs, ainsi que la mise à jour régulière de Taxref (#111, #163)
- Ajout d'une interface d'administration pour la création des types d'attributs et des thèmes
- Peuplement en lot des listes de taxons avec un CSV de cd_nom (#299)
- Ajout d'un paramètre `--taxref-region` à la commande de mise à jour de Taxref, qui permet de spécifier le nom de la colonne à utiliser pour peupler la colonne `id_statut` de `taxref` (utile pour les régions hors métropole) (#310)
- Remplacement du fichier de configuration `config.py` par le fichier toml `taxhub_config.toml` (#517)
- Création d'une commande de récupération des médias de l'INPN et suppression des anciens scripts. Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre un fichier CSV contenant une liste de cd_nom (`flask taxref import-inpn-media list_cd_ref.csv`) (#437)
- Suppression de la chaine de caractères `static/medias/` dans le champs `taxonomie.t_medias.chemin`
- Suppression des code_profil de permissions 3 et 4, basculés en 2
- Suppression du champs `bib_listes.picto`
- Suppression de la table `taxhub_admin_log`
- Suppression de la colonne `supprime` des médias qui effectuait une suppression logique et non physique des médias (#538)
- Suppression de la colonne `id_droit` de la table `bib_themes` (#550)
- Evolution de la procédure de migration Taxref (#382)
- Déplacement de la doc de mise à jour de Taxref dans la documentation générale de TaxHub (#555)
- Dépreciation de la route `/taxoninfo` au profit de la route `/taxref` (#554)
- Ajout des propriétés optionnelles sur la route `/taxref` permettant de récupérer les attributs et les médias de chaque taxon (#498)
- Ajout d'une route `/bdc_statuts/status_symbologies` renvoyant la symbologie de statuts des taxons (couleurs des valeurs des listes rouges) (#510, par @edelclaux)
- Amélioration de la vue `taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete` pour afficher tous les noms d'un taxon (#332, par @JulienCorny et @andriacap)
- Ajout d’une vue matérialisée `vm_taxref_tree` contenant pour chaque `cd_nom` la liste complète des `cd_ref` de ses taxons parents (#567, par @jbdesbas, @amandine-sahl, @bouttier)
- Mise à jour de dépendances python, dont UsersHub-authentification-module en version 3.0.0 et Flask en version 3
- L'image Docker de TaxHub n'est plus générée automatiquement en raison de son intégration à GeoNature (#519)
- Suppression du code spécifique Amazon S3. Pour utiliser des services S3 de stockage des médias, il est toujours possible de monter un volume pour y déposer directement les médias
- Les branches `taxhub` et `taxhub-admin` ont été renommées en `taxhub-standalone` et `taxhub-standalone-sample`
- Ajout du paramètre `API_PREFIX` si on souhaite rajouter un préfixe devant les routes de l'API TaxHub (ne pas renseigner si vous utilisez TaxHub avec GeoNature)

### ⚠️ Notes de version

- Si vous utilisez GeoNature, TaxHub est désormais intégré à celui-ci dans le module "Admin"
- Pour les installations standalone (hors GeoNature), le fichier de configuration applicatif `apptax/config.py` est remplacé par le fichier `config/taxhub_config.toml`. Créer un fichier `config/taxhub_config.toml` puis ajoutez-y les paramètres suivants (en vous inspirant de `config/taxhub_config.toml.sample`) :
  - `SQLALCHEMY_DATABASE_URI`
  - `APPLICATION_ROOT`
  - `SECRET_KEY`
  - `PASS_METHOD` (si vous l'aviez renseigné)
- Ajouter la nouvelle extension `ltree` à votre base de données :
  ```bash
  sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION ltree;'
  ```
- Désormais si vous modifier la table `taxonomie.taxref` (pour ajoute un taxon local par exemple), vous devez rafraichir la nouvelle vue avec la requête `REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_taxref_tree`
- Les données de la table `bib_noms` ont été sauvegardées sous deux formes :
  - dans la table `archive_bib_noms` : ce qui pourra vous permettre de récupérer les données "nom_français" ainsi que "commentaire" (ils n'étaient plus utilisés dans les recherche de taxons depuis plusieurs versions)
  - dans une liste nommée `BIB_NOMS`
- Evolutions des permissions :
  - en mode standalone (hors GeoNature), seuls les profils 2 et 6 sont désormais utilisés. Il faut un profil 2 pour ajouter des attributs ou médias et ajouter des taxons à des listes. Il faut un profil 6 pour pouvoir créer des listes / thêmes / type d'attributs.
  - intégré à GeoNature, TaxHub est désormais un module de GeoNature parmi les autres et on lui associe des permissions par groupe ou utilisateur et par objets (taxons, listes, attributs, médias...). Les permissions sur le module TaxHub sont automatiquement migrées lors de la mise à jour de GeoNature en s'appuyant sur les permissions existantes.
- Les médias ont été déplacés du dossier `/static/medias/` vers `/media/taxhub/`.
  Les URL des images vont donc changer. Pour des questions de rétrocompatibilité avec d'autres outils (GeoNature-atlas ou GeoNature-citizen par exemple), vous pouvez définir des règles de redirection pour les médias dans le fichier de configuration Apache de TaxHub :
  ```
  # Cas où TaxHub et GeoNature sont sur le même sous-domaine
  RewriteEngine on
  RewriteRule   "^/taxhub/static/medias/(.+)" "/geonature/api/medias/taxhub/$1"  [R,L]
  # Cas où TaxHub et GeoNature ont chacun un sous-domaine
  RewriteEngine on
  RewriteRule   "^/static/medias/(.+)" "https://geonature.<MON_DOMAINE.EXT>/api/medias/taxhub/$1"  [R,L]
  ```

## 1.14.2 (2024-09-13)

### 🐛 Corrections

- Correction de la route `/taxref` quand un nom appartient à plusieurs listes (https://github.com/PnX-SI/gn_mobile_occtax/issues/263)

## 1.14.1 (2024-05-23)

### 🚀 Nouveautés

- Mise à jour de dépendances critiques : `requests`, `jinja2`, `werkzeug`, `idna`, `gunicorn` (#497)

## 1.14.0 (2024-04-23)

### 🚀 Nouveautés

- Mise à jour de TaxRef et de la base de connaissance "Statuts" en v17 (#487)
- Amélioration des performances du script de migration entre deux versions de Taxref. Contribution de @nico-imbert et @MathieuManceau.

### 🐛 Corrections.

- Correction d'une mauvaise synchronisation du cookie et du JWT via une MAJ de pypnusershub (https://github.com/PnX-SI/UsersHub-authentification-module/pull/94)

**💻 Développement**

- Les identifiants indiqués dans le paramètre `id_liste` de la route `getTaxrefList` sont indiqués de la manière suivante : `id_liste=1,2,3` (anciennement `id_liste=1&id_liste=2&id_liste=3`).

## 1.13.4 (2024-04-11)

### 🚀 Nouveautés

- Passage à la version 1.5.2 de RefGeo (#486)
- Mise à jour de nombreuses dépendances Python (#486)

### 🐛 Corrections

- Correction du problème de déploiement automatique de la documentation sur Read the Docs (#482)
- Modification du nom de la variable du token d'identification (#481)

## 1.13.3 (2024-02-12)

### 🐛 Corrections

- Correction du problème de connexion sur TaxHub quand celui-ci est lancé avec le service (#476)
- Suppression de warnings SQLAlchemy 1.4 (#477)

## 1.13.2 (2024-01-30)

### 🚀 Nouveautés

- Mise à jour de Flask version 2 à 3
- Mise à jour du linter black en version 24

## 1.13.1 (2023-11-17)

Nécessite la version 2.14 (ou plus) de GeoNature.

### 🚀 Nouveautés

- Ajout de la colonne `group3_inpn` au modèle de la table `taxref` et à la réponse de la route `/getTaxonDetail` (#447)
- Ajout de la route `/groupe3_inpn` listant les group3 (#447)
- Enrichissement de la route `/taxref` en y ajoutant une propriété `listes`, un filtre sur `id_liste` (remplaçant la route `/cor_nom_liste` supprimée) et en ajoutant la possibilité de limiter les champs retournés (#451 et #346)
- La route `/allnamebylist` prend comme paramètre `id_liste` et non plus le `code_liste` (qui peut toujours être utilisé en tant que paramètre get) pour corriger le soucis de filtre de taxons par liste dans GeoNature (#346)
- Suppression de la route `/cor_nom_liste` suite aux évolutions de la route `/taxref` (#469)
- Ajout d'une valeur par défaut au paramètre `UPLOAD_FOLDER` (`static/medias`) (#445)

## 1.13.0 (2023-10-25)

Nécessite la version 2.14 (ou plus) de GeoNature.

### 🚀 Nouveautés

- Ajout d'une fonction `taxonomie.check_is_group3inpn(mygroup text)` qui permet de tester si une chaine de caractère correspond bien à un group3_inpn (#433).
- Ajout de la colonne `group3_inpn` à la vue materialisée `vm_taxref_list_forautocomplete` et d'un filtre `group3_inpn` à la route `allnamebylist` (#432).
- Passage à Flask-Login pour la gestion de l'authentification via la montée de version du sous-module d'authentification en version 2.0.0

### ⚠️ Notes de version

- Si TaxHub est à la racine de votre serveur web `http://taxhub.mondomain.fr`, le paramètre `APPLICATION_ROOT` doit être égal à `"/"` et non `""`

## 1.12.1 (2023-09-12)

### 🐛 Corrections

- [Migration Taxref] Ajout de scripts SQL manquants dans le fichier `setup.py` (#430)
- [Migration Taxref] Ne pas spécifier de répertoire de fichier de données dans la fonction `open_remote_file(...,"TAXREF_v16_2022.zip", ...)`, afin de pouvoir utiliser la variable d'environnement `DATA_PATH` (#430)

**💻 Développement**

- Docker : redémarrage automatique de Flask après chaque modification du fichier `config/config.py`

## 1.12.0 (2023-07-11)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout d'une table `t_meta_taxref` stockant la version du référentiel taxonomique ainsi que de sa date de dernière mise à jour, et de la route `/version` associée (#394)
- Ajout d'une route `cor_nom_liste` pour accéder au contenu de cette table (#406)
- Mise à jour des dépendances Python (#410)

## 1.11.3 (2023-06-27)

### 🚀 Nouveautés

- Compatibilité Debian 12 (Python 3.11)
- Ajout de Debian 12 dans la CI de tests automatisés
- Mise à jour de nombreuses dépendances Python (Flask, Alembic, SQLAlchemy, Marshmallow, Pytest, Pillow, ...)

### 🐛 Corrections

- Correction de la route `/taxoninfo` et ajout de tests associés (#402)
- Prise en compte des départements et territoires d'outre-mer pour la relation entre les zonages administratifs et la BDC statuts (#401)
- Correction d'une requête SQL (#397)

### ⚠️ Notes de version

- Suite à la prise en compte des territoires d'outre-mer avec la BDC statuts, il est conseillé de relancer le peuplement des données de la table `bdc_statut_cor_text_area` en utilisant la commande suivante :
  ```sh
  cd ~/taxhub
  source venv/bin/activate
  flask taxref link-bdc-statut-to-areas
  ```

## 1.11.2 (01-06-2023)

### 🐛 Corrections

- Création de la table `taxonomie.bdc_statut` qui pouvait manquer sur certaines instances (#376)
- Mise à jour des données vides de la table `taxref` en NULL au lieu d'une chaine vide (#387)
- Optimisation de la route `allnamebylist` lors de la recherche par nom "search_name" (#384)
- Rafraichissement des vues matérialisées après une migration de Taxref (#392)

### ⚠️ Notes de version

- Si vous avez déjà réalisé une migration vers Taxref v16, il est conseillé de rafraichir les vues matérialisées :

  ```sql
  REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_classe;
  REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_famille;
  REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_group1_inpn;
  REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_group2_inpn;
  REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_ordre;
  REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_phylum;
  REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_regne;
  REFRESH MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete;
  ```

## 1.11.1 (2023-03-04)

### 🚀 Nouveautés

- Compatibilité SQLAlchemy 1.4
- Mise à jour des dépendances :
  - RefGeo 1.3.0
  - UsersHub-authentification-module 1.6.5
  - Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.2
  - Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo 0.2.7

### 🐛 Corrections

- Correction de la documentation

## 1.11.0 (2023-02-17)

### 🚀 Nouveautés

- Passage à la version 16 de Taxref ainsi que de la BDC statuts,
  utilisée par défaut pour les nouvelles installations (#366)
- Suppression des tables des anciens statuts de protection, remplacés
  par la BDC statuts (#352) :
  - taxref_liste_rouge_fr
  - bib_taxref_categories_lr
  - taxref_protection_especes
  - taxref_protection_articles_structure
  - taxref_protection_articles
- Ajout d'une commande permettant d'activer les textes de la
  BDC_statuts concernant uniquement son territoire (par `area_code`
  de départements) :
  `flask taxref enable-bdc-statut-text -d <MON_DEP_1> -d <MON_DEP_2> --clean`
  (#369)

### 🐛 Corrections

- Complément de la gestion des cd_nom négatifs (#357)

### ⚠️ Notes de version

- Si vous souhaitez mettre à jour Taxref, utilisez les scripts
  présents dans le dossier `/apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref`
- Si vous mettez à jour TaxHub, assurez-vous que vous n'ayez pas de
  vues spécifiques qui dépendent des tables supprimées
- Si vous mettez à jour Taxref et que vous utilisez GeoNature, mettez
  à jour les règles de sensibilité suite à la mise à jour de Taxref :

  ```sh
  source geonature/backend/venv/bin/activate
  geonature sensitivity refresh-rules-cache
  ```

## 1.10.8 (2023-01-20)

### 🚀 Nouveautés

- Le paramètre `--keep-cdnom` des scripts de migration de Taxref garde
  désormais tous les cd_nom supprimés dans la nouvelle version de
  Taxref, et plus seulement ceux présents dans la table `bib_noms`
  (#362)
- Ajout d'un clé primaire sur la table `taxonomie.import_taxref` pour
  accélérer les migrations de Taxref (#364)

### 🐛 Corrections

- Gestion des cd_nom négatifs (#357)
- Ajout d'index sur `vm vm_taxref_list_forautocomplete` pour en
  améliorer les performances qui avaient été supprimés par erreur dans
  la version 1.10.3 (#355)
- Correction d'un code de département dans la commande
  `populate_bdc_statut_cor_text_area`
- Correction des scripts de migration de Taxref dans le cas des merges
  où plus de 2 grappes de cd_nom fusionnent (#365)
- Correction de l'encodage de la BDC statuts lors de la migration de
  Taxref (#361)

**💻 Développement**

- Mise à jour de la version de Node.js (et de la version de npm) en
  utilisant la LTS (version 18 actuellement) dans le fichier
  `.nvmvrc`, et non plus la version 10 (#353)
- Mise à jour des actions Github (#356)

### ⚠️ Notes de version

- Suite à la correction d'un code de
  département, il est fortement conseillé de relancer le peuplement des
  données de la table `bdc_statut_cor_text_area` en utilisant la commande
  suivante :

```sh
cd ~/taxhub
source venv/bin/activate
flask taxref link-bdc-statut-to-areas
```

## 1.10.7 (2022-12-20)

### 🐛 Corrections

- Correction du bug dans la commande
  `flask taxref link-bdc-statut-to-areas`
- Correction du message de confirmation de la commande
  `flask taxref delete-bdc`

## 1.10.6 (2022-12-14)

### 🐛 Corrections

- Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.6.2

## 1.10.5 (2022-12-13)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout de commandes permettant de gérer la base de connaissance du
  SINP des statuts des espèces :
  - `flask taxref import-bdc-v14` : utile si vous avez appelez
    `import-v14` avec `--skip-bdc-statuts`
  - `flask taxref import-bdc-v15` : utile si vous avez appelez
    `import-v15` avec `--skip-bdc-statuts`
  - `flask taxref delete-bdc` : permet de vider les tables de la BDC
    Statuts
  - `flask taxref link-bdc-statut-to-areas` : permet de peupler la
    table `bdc_statut_cor_text_area`; utile si vous avez importé
    votre BDC Statuts avec TaxHub ≤ 1.10.4
- Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.6.2
- Les doublons ont été supprimés des données source de la BDC Statuts
  afin d'éviter cette lente opération lors de l'intégration dans la
  base de données.
- Les données des départements, nécessaires à la BDC Statuts, sont
  importées par défaut
- Les références à l'`ID_APP` sont supprimées au profit du
  `CODE_APPLICATION` (`TH` par défaut)
- Le dossier des fichiers statiques peut être défini avec la variable
  d'environnement `TAXHUB_STATIC_FOLDER`
- Ajout d'un `Dockerfile` et publication automatique des images de
  celui-ci par Github Action

### 🐛 Corrections

- La table `bdc_statut_cor_text_area` est correctement peuplée lors de
  l'intégration de la BDC Statuts.
- Le service systemd ne dépend plus de PostgreSQL pour les cas
  d'utilisation d'une base de données distante (mais continue de
  démarrer avant dans le cas d'une base de données locale).

### ⚠️ Notes de version

- Si vous mettez à jour TaxHub, peuplez les données de la table
  `bdc_statut_cor_text_area` en utilisant la commande suivante :

```sh
cd ~/taxhub
source venv/bin/activate
flask taxref link-bdc-statut-to-areas
```

## 1.10.4 (2022-10-24)

### 🚀 Nouveautés

- Mise à jour de la documentation d'installation
- Mise à jour des dépendances :
  - RefGeo 1.2.0

## 1.10.3 (2022-10-20)

### 🐛 Corrections

- Correction de la vue matérialisée `vm_taxref_list_forautocomplete`
- Rendre le stockage des medias sur les services S3 vraiment
  facultatif
- Installer la BDC statuts version 15 avec Taxref v15

## 1.10.2 (2022-10-06)-

### 🐛 Corrections

- Correction du chemin vers les scripts de migration Taxref v15

## 1.10.1 (2022-09-20)

### 🐛 Corrections

- Ajout de `gunicorn` au requirements.
- Modification du script de démarrage `systemd` pour lancer TaxHub
  après PostgreSQL.

## 1.10.0 (2022-03-31)

⚠️ Si vous utilisez GeoNature, vous devez mettre à jour celui-ci en
version 2.10.

### 🚀 Nouveautés

- Passage à la version 15 de Taxref ainsi que de la BDC statuts,
  utilisée par défaut pour les nouvelles installations (#322)
- Mise en place de scripts python pour la mise à jour de Taxref à
  partir de sa version 15, dans le dossier
  `apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref`, à la place des scripts
  shell (#322)
- Ajout de l'option `--keep-cdnom` aux scripts de mise à jour de
  Taxref, pour empêcher la suppression des cd_noms manquants (#306)
- Ajout du champs `group3_inpn`, ajouté dans la v15 de Taxref
- Ajout des API pour les statuts de protection et de listes rouges
  (#291)
- Ajout d'une table d'association entre les statuts et le
  référentiel géographique `taxonomie.bdc_statut_cor_text_area`.
  L'association entre les textes et les statuts est réalisée lorsque
  le texte est associé à une région ou un département (#323)
- Possibilité de passer des paramètres de configuration par variable
  d'environnement préfixée par `TAXHUB_`
- Fichiers de log :
  - Les logs sont à présent écrits dans le fichier
    `/var/log/taxhub/taxhub.log`
  - L'outil `logrotate` est configuré pour assurer la rotation du
    fichier
  - L'ancien fichier de log `/var/log/taxhub.log` est intouché; vous
    pouvez le supprimer, ou l'archiver manuellement.
- Mise à jour des dépendances :
  - Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.0
  - UsersHub-authentification-module 1.6.0
  - RefGeo 1.1.1

### 🐛 Corrections

- Correction d'un problème lié au double-chargement de Flask en mode
  développement.
- Correction d'un problème au démarrage de Flask lorsque la base de
  données n'a pas encore été créée.

**💻 Développement**

- Exécution automatique des tests backend avec Github actions
- Le code est désormais formaté avec Black; une Github action y veille
- Mise à jour de Flask version 1 à 2
- Migrations Alembic : possibilité de rendre l'intégration de la BDC
  statuts optionnelle
- Ajout de la dépendance au module RefGeo
- Suppression des exemples de taxons (`taxonomie_taxons_example.sql`
  et `taxonomie_attributes_example.sql`)
- Création de commandes pour l'insertion des données du référentiel,
  hors Alembic (#333)

### ⚠️ Notes de version

- Les branches Alembic `taxonomie_inpn_data`,
  `taxonomie_taxons_example` et `taxonomie_attributes_example` ont été
  supprimées. Après avoir mis à jour TaxHub en version 1.10, vous
  devez supprimer toutes références à ces dernières, sans quoi Alembic
  vous indiquera qu'il ne connait pas certains numéros de révision :

```
(venv)$ flask db exec "delete from public.alembic_version where version_num in ('f61f95136ec3', 'aa7533601e41', '8222017dc3f6')"
```

- **Si vous n'utilisez pas GeoNature**, vous devez appliquer les
  évolutions du schéma `taxonomie` depuis TaxHub :
  - Se placer dans le dossier de TaxHub : `cd ~/taxhub`
  - Sourcer le virtualenv de TaxHub : `source venv/bin/activate`
  - Appliquer les révisions du schéma de la base de données :
    `flask db autoupgrade`
- Sinon le faire depuis GeoNature `(venv)$ geonature db autoupgrade`,
  après la mise à jour de ce dernier en version 2.10
- La mise à jour de la version 14 à 15 de Taxref est désormais
  réalisée par des scripts python, disponibles dans le dossier
  `apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref`
- Les mises à jour précédentes de Taxref jusqu'à la version 14
  restent disponibles dans le dossier `data/scripts/update_taxref`
- Il est possible d'installer TaxHub avec Taxref v14. Pour cela il
  faut utiliser les commandes suivantes :

```sh
flask db upgrade taxonomie@head
flask taxref import-v14 --skip-bdc-statuts
```

## 1.9.4 (2022-01-25)

### 🐛 Corrections

- Ordonnancement de la route `/allnamebylist` par identifiant quand
  aucun `search_name` ne lui est passé en paramètre (pour ordonner les
  résultats paginés utilisés par Occtax-mobile)

**💻 Développement**

- Utilisation du paramètre `page` de Flask à la place du paramètre
  maison `offset` pour la pagination des routes
- Possibilité d'utiliser le fichier `config.py` dans les variables
  d'environnement
- Ajout du fichier de configuration `apptax/test_config.py` pour les
  tests automatisés
- Changement du code http 500 en 400 quand l'`id_liste` de la route
  `/allnamebylist` n'est pas trouvé

## 1.9.3 (2022-01-12)

### 🐛 Corrections

- Correction de la variable `SCRIPT_NAME` (#295)

## 1.9.2 (2021-12-21)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout des champs `licence` et `source` dans le formulaire d'édition
  (#151)
- Amélioration de quelques routes

### 🐛 Corrections

- Correction du chemin des médias qui empêchait la récupération des
  vignettes
- Correction de la génération de la documentation sur Readthedocs
- Correction de la variable `SCRIPT_NAME` (#295)
- Suppression de la documentation de l'API qui était cassée

### ⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour TaxHub :

- Vous devez modifier le fichier de configuration `apptax/config.py` :

  - Supprimer les lignes suivantes :

  ```py
  # File
  import os # A SUPPRIMER
  BASE_DIR = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__)) # A SUPPRIMER
  ```

  - Si vous l'aviez renseignée dans votre configuration, modifier
    le paramètre `UPLOAD_FOLDER = 'static/medias'` en
    `UPLOAD_FOLDER = 'medias'`

## 1.9.1 (2021-10-19)

### 🐛 Corrections

- Correction d'un bug qui empêchait l'ajout d'une liste

## 1.9.0 (2021-10-01)

### 🚀 Nouveautés

- Packaging de l'application TaxHub
- Passage de `supervisor` à `systemd`
  - Les logs de l'application se trouvent désormais dans le
    répertoire système `/var/log/taxhub.log`
- Ajout d'un template de configuration Apache et révision de la
  documentation sur le sujet
- Gestion de la base de données et de ses évolutions avec
  [Alembic](https://alembic.sqlalchemy.org/)
- Possibilité d'installer le schéma `taxonomie` avec Alembic sans
  passer par une application Flask telle que TaxHub
- Ajout de fonctions permettant la recherche du cd_nom ou cd_ref à
  partir d'un nom latin (`match_binomial_taxref`), et permettant de
  vérifier si une valeur est bien un cd_ref existant
  (`check_is_cd_ref`) (par @DonovanMaillard)
- Ajout d'une fonction `find_all_taxons_parents(cd_nom)` retournant
  les cd_nom de tous les taxons parents d'un cd_nom
  (par @DonovanMaillard)
- Ajout de la vue `v_bdc_status` (par @jpm-cbna)
- Suppression de `ID_APP` du fichier de configuration (auto-détection
  depuis la base de données)
- Mise à jour de
  [UsersHub-authentification-module](https://github.com/PnX-SI/UsersHub-authentification-module/releases)
  en version 1.5.3
- Mise à jour de
  [Utils-Flask-SQLAlchemy](https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy/releases)
  en version 0.2.4

### 🐛 Corrections

- Corrections pour servir TaxHub sur un préfixe (typiquement
  `/taxhub`)
- Correction des scripts pour mettre à jour TAXREF (#274 et #283)
- Correction de la valeur par défaut du champs
  `taxonomie.bib_listes.id_liste` (#275)

### ⚠️ Notes de version

- Avec le passage à Alembic pour la gestion de la BDD, les fichiers
  SQL de création du schéma `taxonomie` ont été déplacés dans
  `apptax/migrations/data/` et ils ne sont plus mis à jour à chaque
  nouvelle version, car ils sont désormais gérés par des migrations
  Alembic.

Pour mettre à jour TaxHub :

- Suppression de `supervisor` :
  - Vérifier que TaxHub n'est pas lancé par supervisor :
    `sudo supervisorctl stop taxhub`
  - Supprimer le fichier de configuration de supervisor
    `sudo rm /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf`
  - Si supervisor n'est plus utilisé par aucun service (répertoire
    `/etc/supervisor/conf.d/` vide), il peut être désinstallé :
    `sudo apt remove supervisor`
- Installer le paquet `python3-venv` nouvellement nécessaire :
  `sudo apt install python3-venv`
- Déplacer le fichier de configuration `config.py` situé à la racine
  de TaxHub dans le sous-dossier `apptax`
- Suivre la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
- Si vous servez TaxHub sur un préfixe (_e.g._ `/taxhub`), rajouter
  dans `config.py` le paramètre suivant :
  `APPLICATION_ROOT = '/taxhub'`
- Passage à `systemd` :
  - Le fichier `/etc/systemd/system/taxhub.service` doit avoir été
    installé par le script `install_app.sh`
  - Pour démarrer TaxHub : `sudo systemctl start taxhub`
  - Pour activer le lancement automatiquement de TaxHub au démarrage
    : `sudo systemctl enable taxhub`
- Révision de la configuration Apache :
  - Le script d'installation `install_app.sh` aura installé le
    fichier `/etc/apache2/conf-available/taxhub.conf` permettant de
    servir TaxHub sur le préfixe `/taxhub`.
  - Vous pouvez utiliser ce fichier de configuration soit en
    l'activant (`sudo a2enconf taxhub`), soit en l'incluant dans la
    configuration de votre vhost
    (`Include /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf`).
  - Si vous gardez votre propre fichier de configuration et que vous
    servez TaxHub sur un préfixe (typiquement `/taxhub`), assurez
    vous que ce préfixe figure bien également à la fin des
    directives `ProxyPass` et `ProxyPassReverse` comme c'est le cas
    dans le fichier `/etc/apache2/conf-available/taxhub.conf`.
  - Si vous décidez d'utiliser le fichier fourni, pensez à supprimer
    votre ancienne configuration apache
    (`sudo a2dissite taxhub && sudo rm /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf`).
- **Si vous n'utilisez pas GeoNature**, vous devez appliquer les
  évolutions du schéma `taxonomie` depuis TaxHub :
  - Se placer dans le dossier de TaxHub : `cd ~/taxhub`
  - Sourcer le virtualenv de TaxHub : `source venv/bin/activate`
  - Indiquer à Alembic que vous possédez déjà la version 1.8.1 du
    schéma `taxonomie` et les données d'exemples :
    `flask db stamp 3fe8c07741be`
  - Indiquer à Alembic que vous possédez les données INPN en base :
    `flask db stamp f61f95136ec3`
  - Appliquer les révisions du schéma `taxonomie` :
    `flask db upgrade taxonomie@head`

## 1.8.1 (2021-07-01)

### 🐛 Corrections

- Correction de la migration Taxref v11 vers v13 pour les versions de
  PostgreSQL <12

### ⚠️ Notes de version

- Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les
  notes des versions intermédiaires

## 1.8.0 (2021-06-22)

### 🚀 Nouveautés

- Passage à la version 14 de Taxref, utilisée par défaut pour les
  nouvelles installations
- Intégration du référentiel BDC statuts
  (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/bdc-statuts-especes),
  peuplé lors du passage à Taxref v14. Pour des raisons de
  compatibilité avec GeoNature les anciens statuts de protection et
  les listes rouges sont toujours présents (#157)
- Support du stockage des medias sur les services de stockages S3
  (#248 par @jbdesbas)
- Ajout d'un champs `code_liste` dans la table `taxonomie.bib_listes`
  pour utiliser des codes plutôt que des identifiants et faciliter
  l'interopérabilité des données entre outils
- Ajout d'un paramètre `fields` à la route `/taxref/search/` afin de
  pouvoir récupérer dans la réponse des champs supplémentaires selon
  les besoins (#243)
- Recherche non sensible aux accents pour la route `allnamebylist`
- Mise à jour de AngularJS en version 1.8.0
- Mise à jour de différentes dépendances Python

### 🐛 Corrections

- Correction de la génération des vignettes des images

### ⚠️ Notes de version

- Exécuter la commande suivante pour ajouter l'extension PostgreSQL
  `unaccent`, en remplaçant la variable `$db_name` par le nom de votre
  BDD :
  `sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "unaccent";'`
- Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.3to1.8.0.sql)
- Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
- Vous pouvez exécuter la mise à jour vers Taxref v14, en suivant la
  procédure et les scripts dédiés
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref).
  Cela peuplera aussi la BDC statuts.
- Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature, laissez les
  `code_liste` au format numérique pour le moment

## 1.7.3 (2020-09-29)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout de tests unitaires
- Mise à jour des dépendances (`psycopg2` et `SQLAlchemy`)

### 🐛 Corrections

- Correction d'un bug sur la récupération des attributs des taxons
  (#235 par @jbdesbas)
- Script de récupération des médias sur INPN. Le script continue
  lorsqu'un appel à l'API renvoie un autre code que 200

## 1.7.2 (2020-07-03)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout du nom vernaculaire (`nom_vern`) dans la vue matérialisée
  `taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete` et dans la route associée
  (`api/taxref/allnamebylist/`)

### 🐛 Corrections

- Correction de la pagination des routes quand le paramètre `offset`
  est égal à zéro (nécessaire pour Sync-mobile)

### ⚠️ Notes de version

- Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.1to1.7.2.sql)
- Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

## 1.7.1 (2020-07-02)

### 🐛 Corrections

- Correction et homogénéisation des paramètres `offset` et `page` sur
  toutes les routes (#229)
- Correction de la route de récupération de la configuration sans le
  "/" (#228)
- Suppression des doublons de la route `allnamebylist`, entrainant un
  nombre de résultats différent du paramètre `limit` fourni

## 1.7.0 (2020-06-17)

### 🚀 Nouveautés

- Mise à jour de Taxref en version 13
- Intégration brute de la Base de connaissance des statuts des espèces
  correspondant à la version 13 de Taxref, en vue de la révision des
  statuts de protection (#157)
- Migration de la librairie OpenCV vers PIL (plus légère) pour le
  redimensionnement des images et suppression de la librairie
  dépendante NumPy (#209)
- Mise à jour des librairies Python (Flask 1.1.1, Jinja 2.11.1,
  Werkzeug 1.0.0, gunicorn20.0.4) et Javascript (AngularJS 1.7.9,
  Bootstrap 3.4.1)
- Suppression du paramètre `id_application` du fichier
  `static/app/constants.js` de façon à ce qu'il soit récupéré de
  façon dynamique
- Ajout de fonctions génériques de détection, suppression et création
  des vues dépendantes dans le schéma `public`
  (`data/generic_drop_and_restore_deps_views.sql`)
- Route `allnamebylist` enrichie avec un paramètre `offset` pour que
  l'application Occtax-mobile puisse récupérer les taxons par lots
  (#208)
- Utilisation du `cd_sup` au lieu du `cd_taxsup` dans la fonction
  `taxonomie.find_all_taxons_children()` pour prendre en compte les
  rangs intermediaires
- Ajout de la colonne famille au modèle `VMTaxrefHierarchie` (#211)
- Ajout d'un manuel administrateur listant les fonctions SQL de la
  BDD (par @jbdesbas)
- Révision et compléments de la documentation (par @ksamuel)
- Ajout d'un lien vers le manuel utilisateur depuis la barre de
  navigation de l'application
- Changement de modélisation de la table
  `vm_taxref_list_forautocomplete` qui redevient une vue matérialisée
  (#219). A rafraichir quand on met à jour Taxref

### 🐛 Corrections

- Correction d'un bug de suppression des attributs suite à une erreur
  d'enregistrement (#80)
- Correction d'un bug lors de la modification d'un média
- Correction des doublons (#216) et des noms manquants (#194) dans
  la vue matérialisée `vm_taxref_list_forautocomplete` (#219)
- Impossibilité d'associer une valeur nulle à un attribut
- Nettoyage et suppression des scripts SQL et de leurs mentions à
  GeoNature v1 et UsersHub v1

### ⚠️ Notes de version

- Vous pouvez supprimer le paramètre `id_application` du fichier
  `static/app/constant.js` car il n'est plus utilisé
- Vous pouvez supprimer les anciennes listes de taxons qui
  correspondaient à des groupes utilisés par GeoNature v1 (Flore,
  Fonge, Vertébrés, Invertébrés, Amphibiens, Oiseaux, Poissons...)
- Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.5to1.7.0.sql)
- Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
- Vous pouvez mettre à jour Taxref en version 13 avec la documentation
  et les scripts du dossier `data/scripts/update_taxref/`
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref)

## 1.6.5 (2020-02-17)

### 🐛 Corrections

- Compatibilité Python > 3.5 : utilisation de
  `<ImmutableDict>.to_dict()` pour convertir le résultat d'un
  formulaire en dictionnaire (Corrige le bug d'ajout de média)

### ⚠️ Notes de version

- Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application>

## 1.6.4 (2020-02-13)

### 🐛 Corrections

- Logging des erreurs lorsque des exceptions sont attrapées (évite les
  erreurs silencieuses)
- Gestion des taxons synonymes dans la vue gérant la recherche des
  taxons (`vm_taxref_list_forautocomplete`)
- Modification de la méthode d'installation du virtualenv
- Utilisation de nvm pour installer node et npm (uniformisation avec
  GeoNature)

### ⚠️ Notes de version

- Exécuter le script de migration SQL
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.3to1.6.4.sql>)
- Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  <https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application>

## 1.6.3 (2019-07-16)

### 🚀 Nouveautés

- Intégration du trigramme dans le champs de recherche de taxon de
  TaxHub
- Route de recherche de taxon : Possibilité de limiter à un rang
- Ajout de la fonction `taxonomie.find_all_taxons_children` qui
  renvoie tous les taxons enfants d'un taxon à partir d'un `cd_nom`
- Mise à jour de OpenCV en 3.4.2

### 🐛 Corrections

- Suppression de l'index `taxref.i_taxref_cd_nom` inutile (#192)

### ⚠️ Notes de version

- Exécuter le script de migration SQL
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.2to1.6.3.sql)
- Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

  ## 1.6.2 (2019-02-27)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout du rang de l'espèce et du cd_nom sur l'API de recherche des
  taxons (autocomplete dans la table
  `vm_taxref_list_forautocomplete`), utilisée par GeoNature

### 🐛 Corrections

- Ajout d'index uniques pour le rafraichissement des vues
  matérialisées
- Correction de l'index sur la table
  `taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete` pour le trigramme
- Centralisation des logs supervisor et gunicorn dans un seul fichier
  (`taxhub_path/var/log/`)

**Note de version**

- Afin que les logs de l'application (supervisor et gunicorn) soient
  tous écrits au même endroit, modifier le fichier
  `taxhub-service.conf`
  (`sudo nano /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf`). A la ligne
  `stdout_logfile`, remplacer la ligne existante par :
  `stdout_logfile = /home/<MON_USER>/taxhub/var/log/taxhub-errors.log`
  (en remplaçant `<MON_USER>` par votre utilisateur linux)
- Pour ne pas avoir de conflits de sessions d'authentification entre
  TaxHub et GeoNature, ajouter une variable `ID_APP` dans le fichier
  de configuration `config.py` et y mettre l'identifiant de
  l'application TaxHub tel qu'il est inscrit dans la table
  `utilisateurs.t_applications`. Exemple : `ID_APP = 2`
- Exécuter le script de migration SQL :
  https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.1to1.6.2.sql
- Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

## 1.6.1 (2019-01-21)

### 🐛 Corrections

- Mise à jour de la version du sous-module d'authentification
- Mise à jour de SQLAlchemy
- Utilisation par défaut du mode d'authentification plus robuste
  (`hash`)
- Clarification des notes de version

### ⚠️ Notes de version

- Si vous mettez à jour depuis la version 1.6.0, passez le paramètre
  `PASS_METHOD` à `hash` dans le fichier `config.py`
- Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les
  notes de versions de chaque version
- Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

## 1.6.0 (2019-01-15)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout et utilisation de l'extension PostgreSQL `pg_tgrm` permettant
  d'améliorer la pertinence de recherche d'une espèce au niveau de
  l'API d'autocomplétion de TaxHub, utilisée dans GeoNature, en
  utilisant l'algorithme des trigrammes
  (http://si.ecrins-parcnational.com/blog/2019-01-fuzzy-search-taxons.html)
- Suppression du SQL local du schéma `utilisateurs` pour utiliser
  celui du dépôt de UsersHub (#165)
- Compatibilité avec UsersHub V2 (nouvelles tables et vues de
  rétrocompatibilité)
- Ajout d'un taxon synonyme dans les données d'exemple

### 🐛 Corrections

- Import médias INPN - Prise en compte de l'import de photos de
  synonymes
- Corrections du manuel utilisateur
  (https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/manuel.html)
- Retour en arrière sur la configuration Apache et l'ajout du
  ServerName pour les redirections automatiques sans `/` mais
  précision dans la documentation :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache
  (#125)
- Correction des listes déroulantes à choix multiple pour afficher les
  valeurs et non les identifiants (par @DonovanMaillard)

### ⚠️ Notes de version

- Exécuter la commande suivante pour ajouter l'extension PostgreSQL
  `pg_trgm`, en remplaçant la variable `$db_name` par le nom de votre
  BDD :
  `sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"`
- Vous pouvez adapter la configuration Apache de TaxHub pour y
  intégrer la redirection sans `/` à la fin de l'URL
  (https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache)
- Exécutez le script de mise de la BDD :
  https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.5.1to1.6.0.sql
- Suivez la procédure habituelle de mise à jour de TaxHub:
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

## 1.5.1 (2018-10-17)

### 🚀 Nouveautés

- Script d'import des médias depuis l'API INPN
  (`data/scripts/import_inpn_media`)
- Création d'un manuel d'utilisation dans la documentation :
  https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/manuel.html
  (merci @DonovanMaillard)
- Amélioration de la configuration Apache pour que l'URL de TaxHub
  sans `/` à la fin redirige vers la version avec `/` (#125)

### 🐛 Corrections

- Remise à zéro des séquences

**Notes de versions**

- Suivez la procédure classique de mise à jour de TaxHub
- Exécutez le script de mise à jour de la BDD TaxHub
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.5.0to1.5.1.sql)

## 1.5.0 (2018-09-19)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout de la possibilité de filtrer les attributs par `id_theme` ou
  `id_attribut` au niveau de la route `taxoninfo`
- Ajout de routes pour récupérer `bib_taxref_habitats` et
  `bib_taxref_categories_lr` (listes rouges nationales)
- Installation : Ajout de paramètres permettant de mieux définir les
  données à intégrer et séparation des scripts SQL, notamment pour ne
  pas imposer d'intégrer toutes les données nécéessaires à GeoNature
  V1 (attributs et listes)
- Mise à jour de Flask (0.11.1 à 1.0.2), Jinja, psycopg2 et Werkzeug

## 1.4.1 (2018-08-20)

### 🐛 Corrections

- Correction de l'enregistrement lors du peuplement d'une liste

## 1.4.0 (2018-07-12)

### 🚀 Nouveautés

- Migration de Taxref 9 à 11 et scripts de migration (#155 et #156)
- Ajout d'un champ `comments` à la table `bib_noms` et dans le
  formulaire de saisie
- Passage du champ `bib_noms.nom_francais` en varchar(1000), du champ
  `taxref.nom_vern` en varchar(1000) et du champ `taxref.lb_auteur` en
  varchar(250)
- Amélioration des logs et mise en place d'une rotation des logs
- Création d'une fonction pour créer les répertoires système
  (`create_sys_dir()`)
- Amélioration de la vue permettant de rechercher un taxon
  (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/334)

**Note de version**

- Ajouter le mode d'authentification dans `config.py`
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/87fbb11d360488e97eef3a0bb68f566744c54aa6/config.py.sample#L25)
- Exécutez les scripts de migration de Taxref 9 à 11
  (`data/scripts/update_taxref_v11/`) en suivant les indications de
  https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/156
- Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.3.2to1.4.0.sql)
- Suivez la procédure générique de mise à jour de l'application

## 1.3.2 (2017-12-15)

### 🚀 Nouveautés

- Optimisation du chargement des noms dans les listes
- Optimisation des requêtes
- Affichage du rang sur les fiches des taxons/noms
- Ajout d'un champ `source` et `licence` pour les médias (sans
  interface de saisie pour le moment). Voir #151, #126
- Script de récupération de médias depuis mediawiki-commons
  (expérimental). Voir #150
- Ajout d'un service de redimensionnement à la volée des images
  (http://URL_TAXHUB/api/tmedias/thumbnail/2241?h=400&w=600 où 2241
  est l'id du média). Il est aussi possible de ne spécifier qu'une
  largeur ou une hauteur pour que l'image garde ses proportions sans
  ajouter de bandes noires. Voir #108
- Correction et compléments documentation (compatibilité Debian 9
  notamment)
- Compatibilité avec Python 2

### 🐛 Corrections

- Ajout d'une liste vide impossible #148
- Enregistrement d'un attribut de type select (bug de la version
  1.3.1, ce n'était pas la valeur qui était enregistrée mais
  l'index)

**Note de version**

- Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.2 mais
  en suivant les différentes notes de version.
- Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  `data/update1.3.1to1.3.2.sql`
- Suivez la procédure générique de mise à jour de l'application

## 1.3.1 (2017-09-26)

### 🐛 Corrections

- Optimisation des performances pour le rafraichissement d'une vue
  matérialisée qui est devenue une table controlée
  (`vm_taxref_list_forautocomplete`) par trigger
  (`trg_refresh_mv_taxref_list_forautocomplete`). Voir #134
- Utilisation du nom francais de la table `bib_noms` pour la table
  `vm_taxref_list_forautocomplete`. Cette table permet de stocker les
  noms sous la forme `nom_vern|lb_nom = nom_valide` pour les
  formulaires de recherche d'un taxon.
- Dans la liste taxref, tous les noms étaient considérés comme
  nouveaux (plus de possibilité de modification)

**Note de version**

- Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.1 mais
  en suivant les différentes notes de version.
- Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  `data/update1.3.0to1.3.1.sql`

## 1.3.0 (2017-09-20)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout d'un trigger assurant l'unicité de la photo principale pour
  chaque cd_ref dans la table `taxonomie.t_medias`. Si on ajoute une
  photo principale à un taxon qui en a déjà une, alors la précédente
  bascule en photo
- Performances dans les modules TaxRef et Taxons : au lieu de charger
  toutes les données côté client, on ne charge que les données
  présentes à l'écran et on lance une requête AJAX à chaque
  changement de page ou recherche
- Valeurs des listes déroulantes des attributs par ordre alphabétique
- Formulaire BIB_NOMS : Les champs `nom latin`, `auteur` et `cd_nom`
  ne sont plus modifiables car ce sont des infos venant de TaxRef.
- Performances de la BDD : création d'index sur la table Taxref
- Suppression de Taxref du dépôt pour le télécharger sur
  http://geonature.fr/data/inpn/ lors de l'installation automatique
  de la BDD
- Ajout de nombreuses fonctions et vues matérialisées dans la BDD :
  https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/develop/data/update1.2.0to1.3.0.sql
- Nettoyage et amélioration des routes de l'API

**Note de version**

- Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  `data/update1.2.0to1.3.0.sql`
- Installer Python3 : `sudo apt-get install python3`
- Installer Supervisor : `sudo apt-get install supervisor`
- Compléter le fichier `settings.ini` avec les nouveaux paramètres sur
  la base de la version par défaut
  (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/settings.ini.sample)
- Supprimer le paramètre `nb_results_limit` du fichier
  `static/app/constants.js` (voir
  https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/static/app/constants.js.sample)
- Arrêter le serveur HTTP Gunicorn : `make prod-stop`
- Lancer le script d'installation : `./install_app.sh`
- Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.0 mais
  en suivant les notes de version de la 1.2.0.

## 1.2.1 (2017-07-04)

### 🚀 Nouveautés

- Correction de la conf Apache pour un accès à l'application sans le
  slash final dans l'URL
- Retrait du "v" dans le tag de la release

**Note de version**

- Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.2.1 mais
  en suivant les notes de version de la 1.2.0.

  1.2.0 (2017-06-21)

### 🚀 Nouveautés

- Ajout de toutes les fonctionnalités de gestion des listes ainsi que
  des noms de taxons qu'elles peuvent contenir.
- Possibilité d'exporter le contenu d'une liste de noms en CSV.
- Correction du fonctionnement de la pagination.
- Permettre la validation du formulaire d'authentification avec la
  touche `Entrer`.
- Bib_noms : ajout de la possibilité de gérer le multiselect des
  attributs par checkboxs.
- Utilisation de gunicorn comme serveur http et mise en place d'un
  makefile.
- Suppression du sous-module d'authentification en tant que sous
  module git et intégration de ce dernier en tant que module python.
- Mise à jour de la lib psycopg2.
- Installation : passage des requirements en https pour les firewall.

**Note de version**

- Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  `data/update1.1.2to1.2.0.sql`.
- Exécutez le script install_app.sh qui permet l'installation de
  gunicorn et la mise à jour des dépendances python et javascript.

Attention

> TaxHub n'utilise plus wsgi mais un serveur HTTP python nommé
> `Gunicorn`. Il est nécessaire de revoir la configuration Apache et de
> lancer le serveur http Gunicorn

- Activer le mode proxy de Apache

```sh
sudo a2enmod proxy
sudo a2enmod proxy_http
sudo apache2ctl restart
```

- Supprimer la totalité de la configuration Apache concernant TaxHub
  et remplacez-la par celle-ci :

```sh
# Configuration TaxHub
    <Location /taxhub>
        ProxyPass  http://127.0.0.1:8000/
        ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8000/
    </Location>
# FIN Configuration TaxHub
```

- Redémarrer Apache :

```sh
sudo service apache2 restart
```

- Lancer le serveur HTTP Gunicorn :

```sh
make prod
```

- Si vous voulez arrêter le serveur HTTP Gunicorn :

```sh
make prod-stop
```

L'application doit être disponible à l'adresse : http://monserver.ext/taxhub

## 1.1.2 (2017-02-23)

### 🚀 Nouveautés

- Correction du code pour compatibilité avec Angular 1.6.1.
- Passage à npm pour la gestion des dépendances (librairies).
- Mise à jour du sous-module d'authentification.
- Ajout de la liste des gymnospermes oubliés.
- Création d'une liste `Saisie possible`, remplaçant l'attribut
  `Saisie`. Cela permet de choisir les synonymes que l'on peut saisir
  ou non dans GeoNature en se basant sur les `cd_nom` (`bib_listes` et
  `cor_nom_liste`) et non plus sur les `cd_ref` (`bib_attributs` et
  `cor_taxon_attribut`).
- Création d'une documentation standard de mise à jour de
  l'application.
- Bugfix (cf https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/100).

**Note de version**

- Exécutez la procédure standard de mise à jour de l'application
  (http://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application)
- Si vous n'avez pas déjà fait ces modifications du schéma
  `taxonomie` depuis GeoNature
  (https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/data/update_1.8.2to1.8.3.sql#L209-L225),
  exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
  `data/update1.1.1to1.1.2.sql`.
- Si vous ne l'avez pas fait côté GeoNature, vous pouvez supprimer
  l'attribut `Saisie` après avoir récupéré les informations dans la
  nouvelle liste avec ces lignes de SQL :
  https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/data/update_1.8.2to1.8.3.sql#L307-L314
- Rajoutez le paramètre `COOKIE_AUTORENEW = True` dans le fichier
  `config.py`.

## 1.1.1 (2016-12-14)

### 🚀 Nouveautés

- Fixation et livraison des librairies suite à l'arrivée
  d'AngularJS1.6 (suppression du gestionnaire de dépendances bower)
- Mise à disposition des listes rouges (non encore utilisé dans
  l'application)

**Note de version**

- Exécutez la procédure standard de mise à jour de l'application
  (http://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application)
- Mettre à jour la base de données
  _ Exécuter la commande suivante depuis la racine du projet TaxHub
  `unzip data/inpn/LR_FRANCE.zip -d /tmp`
  _ Exécuter le fichier `data/update1.1.0to1.1.1.sql`

## 1.1.0 (2016-11-17)

### 🚀 Nouveautés

- Bugfix
- Ajout d'un titre à l'application
- Gestion des valeurs `null` et des chaines vides
- Correction de l'installation
- Correction de l'effacement du type de média dans le tableau après
  enregistrement
- Ajout d'une clé étrangère manquante à la création de la base de
  données
- Ajout des listes rouges INPN (en BDD uniquement pour le moment)
- Compléments sur les attributs des taxons exemples
- Ajout d'une confirmation avant la suppression d'un media
- Champ `auteur` affiché au lieu du champ `description` dans le
  tableau des médias
- Modification du type de données pour l'attribut `milieu`
- Possibilité de choisir pour l'installation du schéma
  `utilisateurs` - en local ou en Foreign Data Wrapper
- Meilleure articulation et cohérence avec UsersHub, GeoNature et
  GeoNature-atlas
- Amélioration en vue d'une installation simplifiée

## 1.0.0 (2016-09-06)

Première version fonctionnelle et déployable de TaxHub (Python Flask)

**Fonctionnalités**

- Visualisation de Taxref
- Gestion du catalogue de noms d'une structure
- Association de données attributaires aux taxons d'une structure
- Association de médias aux taxons d'une structure

## 0.1.0 (2016-05-12)

**Première version de TaxHub, développée avec le framework PHP Symfony**

Permet de lister le contenu de TaxRef, le contenu de
`taxonomie.bib_taxons`, de faire des recherches, d'ajouter un taxon à
`taxonomie.bib_taxons` depuis TaxRef et d'y renseigner ses propres
attributs.

L'ajout d'un taxon dans des listes n'est pas encore développé.

Le MCD a été revu pour se baser sur `taxonomie.bib_attributs` et non
plus sur les filtres de `bib_taxons` mais il reste encore à revoir le
MCD pour ne pas pouvoir renseigner différemment les attributs d'un même
taxon de référence - https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/71

A suivre : Remplacement du framework Symfony (PHP) par Flask (Python) -
https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/70

## 0.0.1 (2015-04-01)

- Création du projet et de la documentation